Blast2GO

 1. Información general

 2. Cómo usar Blast2GO

 3. Más información

1. Información general

Blast2GO is an ALL in ONE tool for functional annotation of (novel) sequences and the analysis of annotation data. Está instalada la versión 2.5.

2. Cómo usar Blast2GO

Si se ejecuta en Maiz, Péndulo o Guinness

blast2go

se ejecuta la versión gráfica que se conecta por red a las bases de datos de Blas2GO. No obstante, sólo en los nodos opteron y xeon hemos instalado localmente las bases de datos y para poder realizar cálculos de forma muy eficiente.

Para calcular en en los nodos basta incluir en el script de Torque:

/software/bin/blast2go -v -a -in input_file.xml -out outfile -prop b2gPipe.properties

o con las opciones deseadas y haber configurado correctamente el fichero b2Pipe.properties. Una plantilla de b2gPipe.properties la podéis copiar desde

cp /software/b2g4pipe/b2gPipe.properties .

Para acceder a las bases de datos locales configurar en el fichero b2gPipe.properties a través de la interfaz gráfica de Blast2GO (tools -> DB configuration) o editándolo directamente con los siguientes datos.

// GO and B2G-Mapping Database
Dbacces.dbhost=localhost
Dbacces.dbname=b2g
Dbacces.dbuser=blast2go
Dbacces.dbpasswd=blast4it

Es necesario incluir la etiqueta opteron para dirigir el cálculo a estos nodos y es un programa que se ejecuta en serie, es decir:

#PBS -l nodes=1:ppn=1:opteron

Si se desea actualizar o incluir alguna base de datos localmente contactar con los técnicos.

3. Más información

También está instalada la versión paralela de BLAST mpiBLAST.

Tutorial de Blast2GO.

Más información en la página web de Blast2GO.

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