Informática Aplicada a la Investigación Rotating Header Image

agosto, 2010:

FFTW Liburutegiak

Fastest Fourier Transform in the West liburutegiak, Fourier-en edozein transformatu egiteko.

3.2.2 bertsioa instalatuta dago /software/fftw-3.3.3 direktorioan. Hainbat erakoak konpilatu dira (threads, simple precission,etab.)

Liburutegi hauekin linkatzeko erabili

-L/software/fftw -lfftw3

Informazio gehiago  fftw home page.

Barne tarifa

Informazio orokorra

Tarifa hau UPV/EHUko ikerlari eta zentruentzako da. Zerbitzu teknikoa eta aplikazioentzako barne dago. Tarifa hauek 2019ko irailaren 1etik 2020ko abustuaren 31era arte egongo dira indarrean.

CPU araberako tarifa

Ikerkuntza talde bakoitzarako tarifa izango da 0.004 €/ordu/core

Disko tarifak

Dautak edukitzeagatik fakturatuko da. Hurrengo irizpideak jarraitu dira tarifa ezartzeko

  • Zerbitzuak gehiago erabiltzen duena, hots datuak erabiltzen dituena, gutxiago ordainduko du. Horregatik kalkulu denboraren araberako tarifak ezartzen dira.
  • Ez da fakturatuko erabiltzailerari 3 GBetatik baino gutxiatik.
  • Hilabete bakoitzeko fakturatuko da hilabete horretan erabilitako diskoaren batezbestekoa kontutan hartuz.
  • Beheko taulako salneurriak erabiliko dira GB extra bakoitzeko, taldeak urtean erabili duen kalkulu denboraren arabera.
Hilabete bakoitzerako GB extra bakoitzeko tarifak
CPU Erabilera Biltegiratze Tarifa
(urte  osoan egunetan) (€/Gb) hilero
2500< cpu 0.1
100< cpu <2500 0.5
1< cpu <100 1.0
0< cpu <1 1.5

CPU araberako tarifa 2019ko abustuaren 31 arte

Ikerkuntza talde bakoitzarako tarifa izango da:

  1. Talde batentzako tarifa 0.011 €/ordu/core izango da 18.939,39 kalkulu egunetara iritxi arte (5.000 €-ri dagozkie egun horiek).
  2. Kontsumo hemendik aurrera kalkulatzen dena 0.003 €/ordu/core salneurrira fakturatuko da.

 

Aholkularitza eta heziketa



  • Ikertzaileen artean ikastaro, mintegi eta helburu honetarako egokiak diren bestelako makanismoen bitartez, konputazio zientifikoko praktika hoberenak bildu eta barreiatzea.
  • Kodeak diseinatu edo hobetzeko laguntza, erabiltzaileei liburutegien, konpiladoreen eta abarren erabilerei buruzko aholkuak emanez.
  • Aplikazioen erabilera eraginkorrean laguntza, beharrezko denean paralelizazioari eta datuak maneiatzeko estrategiei buruzko laguntzarekin.
  • Ikerketa taldeak dituen baliabide informatikoak optimizatzeari buruzko aholkularitza.
  • Software/Hardware beharrak identifikatzeko laguntza, arazo zientifiko zehatzak konpontzeko.

Qsite Nola Bidali

Octave

Zenbakizko kalkuluko programa matematikoaren 3.2.3 bertsioa dago itanium, Opteron eta Pendulon. Xeon-etan berriz 3.2.4. Zerbitzuko makina guztietan instalatuta dago (Arinan eta Pendulon).
(más…)

Nola bidali NWchem

send_nwchem

send_nwchem komandoa erabili daiteke lanak kolara bidaltzeko. Usage:

send_nwchem JOBNAME PROCS[property] TIME MEM [“Other queue options”]

JOBNAME: Extensiorik gabeko inputaren izena.
NODES: Nodo kopurua.
PROCS: Prozesadore kopurua.
TIME: Eskatutako denbora hh:mm:ss formatoan.
MEM: Memoria GB-etan, unitatea adierazi gabe.
["Other queue options"] Torqueri aldagai gehiago pasatzeko aukera hematen digu. Dana komatxoen artean adieraziz.

job1 lana, itaniumb nodo batean eta 4 prozesadoretan bidalzteko:

send_nwchem job1 1 4:itaniumb 04:00:00 1
    job2 lana 2 nodo eta bakoitzeko 8 prozesadoretan, 192 ordu eta 8gb-etako memoria eskatuz. Gainera, job2 lana dagoneko kolan dagoen 1234 lanaren odoren sartzea nahi dugu.
send_nwchem job2 16 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''
    job2 lana 4 nodo 4 8 prozesadoretan baokitzean bidaltzeko, 200 ordu, eta 15 gb etako Ram memroia eskatuz. Gainera, lana hasi eta bukatzean email bat bidalzteko adierazten diogu esandako email helbidera.
send_nwchem job2 32 15 ``-m be -M nire.emaila@ehu.es''

send_nwchem aginduak, lana bidalitako katalogoaren edukia /scratch edo /gscratch -2 edo nodo gehiago erabiliz gero- kopiatuko du, kalkulua bertan burutuko da. Bukatzean, emaitza bidalitako katalogora kopiatuko du azpikatalogo batera

Qsub interaktiboa

Exekutatzen bada

qsub

qsub interaktiboan sartuko gara eta galdera batzuk egingo dizkizu

Lanen jarraipena

send_nwchem edo qsub interaktiboa erabiliz bidalitako lanen jarraipena erraztearren, hurrengo tresnak eskura ditu erabiltzaileak:¡
remote_vi:gvim erabiliz, nwchem kalkuluaren outputa *.out fitxategia irekiko digu.
remote_molden: moldenl erabiliz, siesta kalkuluaren *.out fitxategia irekiko digu.
remote_xmakemol: xmakemol erabiliz, siesta kalkuluaren *.md.xyz fitxategia irekiko digu.
remote_qmde: xmgrace programarekin dinamika molekularra egiten ari den NWchem kalkulu beten, energia vs denbora irudikatuko digu.

Tresna hauen erabilera berdintsua da, agindua eta jarraian aztertzea nahi del lanaren kola identifikatzailea adierazi behar delarik.

Adibideak

remote_vi 1243
remote_xmakemol 2390
remote_molden 2390
remote_qmde 3432

ECCE 4.0.2

(Extensible Computational Chemistry Environment) NWchem talde bera garatutako programa (ECCE Homepage). Grafikoki NWchem, Gaussian eta beste kimika kuantikako programentzako inputak sortzeko da. Erabiltzeko exekutatu:ecce &Maiz-etik erabiltzea gomendatzen dizuegu  erabiliz.

Informazio gehiago

NwChem web eskuliburua.

Octave

Versión 3.2.3 en Itanium, Opteron y Péndulo y 3.2.4 en Xeon del programa matemático de cálculo numérico.
(más…)

scilab