Versión: 1.62.3
Qbox is a C++/MPI scalable parallel implementation of first-principles molecular dynamics (FPMD) based on the plane-wave, pseudopotential formalism. Qbox is designed for operation on large parallel computers.
Para enviar trabajos a la cola se puede usar el comando
send_qbox JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE[property] TIME
Al ejecutar send_box [Enter] aparecen más las opciones de uso
Página web de Qbox.
IDBA-UD 1.1.1 is a iterative De Bruijn Graph De Novo Assembler for Short Reads Sequencing data with Highly Uneven Sequencing Depth. It is an extension of IDBA algorithm. IDBA-UD also iterates from small k to a large k. In each iteration, short and low-depth contigs are removed iteratively with cutoff threshold from low to high to reduce the errors in low-depth and high-depth regions. Paired-end reads are aligned to contigs and assembled locally to generate some missing k-mers in low-depth regions. With these technologies, IDBA-UD can iterate k value of de Bruijn graph to a very large value with less gaps and less branches to form long contigs in both low-depth and high-depth regions.
Para enviar trabajos a la cola se puede usar el comando
send_idba-ud
que realiza unas preguntas para configurar el cálculo.
IDBA-UD se ejecuta en paralelo con un buen rendimiento medido hasta por lo menos 8 cores. Por encima no se han medido mejoras apreciables. El benchmark se ha realizado con --mimk 40 --step 20. Por algún motivo este cálculo tiene un salto cualitativo apreciable de 1 a dos cores. Si se pone un step de 10 el rendimiento a varios cores empeora como se observa en la segunda tabla.
| 1 core como base | 2 cores como base | ||||
| Cores | Tiempo (s) | Aceleración | Rendimiento (%) | Aceleración | Rendimiento (%) |
| 1 | 480 | 1 | 100 | ||
| 2 | 296 | 1.6 | 81 | 1.0 | 100 |
| 4 | 188 | 2.6 | 64 | 1.6 | 79 |
| 8 | 84 | 5.7 | 71 | 3.5 | 88 |
| 12 | 92 | 5.2 | 43 | 3.2 | 54 |
El segundo benchmark se ha realizado con un fichero mayor, con 10 millones de bases y las opciones --mink 20 --step 10 --min_support 2. Observamos un comportamiento más regular que en el benchmark anterior y como la paralelización es buena hasta los 4 cores.
| Cores | Tiempo (s) | Aceleración | Rendimiento (%) |
| 1 | 13050 | 1 | 100 |
| 2 | 6675 | 2.0 | 98 |
| 4 | 3849 | 3.4 | 85 |
| 8 | 3113 | 4.2 | 52 |
| 16 | 2337 | 5.6 | 35 |
| 20 | 2409 | 5.4 | 27 |
Página web de IDBA-UD.
SPAdes 3.6.0 – St. Petersburg genome assembler – is intended for both standard isolates and single-cell MDA bacteria assemblies. It works with Illumina or IonTorrent reads and is capable of providing hybrid assemblies using PacBio, Oxford Nanopore and Sanger reads. You can also provide additional contigs that will be used as long reads. Supports paired-end reads, mate-pairs and unpaired reads. SPAdes can take as input several paired-end and mate-pair libraries simultaneously. Note, that SPAdes was initially designed for small genomes. It was tested on single-cell and standard bacterial and fungal data sets.
Para enviar trabajos a la cola se puede usar el comando
send_spades
que realiza unas preguntas para configurar el cálculo.
No se ha medido ninguna mejora ni reducción del tiempo de cálculo configurando más de un core en un tipo de cálculo:
spades.py -pe1-1 file1 -pe1-2 file2 -o outdir
Recomendamos usar 1 core a menos que se sepa que se va a obtener un mejor rendimiento con más cores.
Página web de SPAdes.