Archivo de la categoría: Software

R eta RStudio

Informazio Orokorra R 3.3.3 is a freely available language and environment for statistical computing and graphics which provides a wide variety of statistical and graphical techniques: linear and nonlinear modelling, statistical tests, time series analysis, classification, clustering, etc. Please consult … Sigue leyendo

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R, RCommader y RStudio

Información general R 3.3.3 is a freely available language and environment for statistical computing and graphics which provides a wide variety of statistical and graphical techniques: linear and nonlinear modelling, statistical tests, time series analysis, classification, clustering, etc. Please consult … Sigue leyendo

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Qbox

Información general Versión: 1.62.3 Qbox is a C++/MPI scalable parallel implementation of first-principles molecular dynamics (FPMD) based on the plane-wave, pseudopotential formalism. Qbox is designed for operation on large parallel computers. 2. Cómo usar Para enviar trabajos a la cola … Sigue leyendo

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TopHat

Información general TopHat is a fast splice junction mapper for RNA-Seq reads. It aligns RNA-Seq reads to mammalian-sized genomes using the ultra high-throughput short read aligner Bowtie, and then analyzes the mapping results to identify splice junctions between exons. Versión … Sigue leyendo

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PHENIX

Información general Versión dev-2229 (superior a 1.10) de PHENIX (Python-based Hierarchical ENvironment for Integrated Xtallography). PHENIX es un paquete de software para la determinación automática de estructuras macromoleculares usando cristalografía de rayos X y otros métodos. Está compilado para poder … Sigue leyendo

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LAMMPS

LAMMPS (“Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator”) es un programa de dinámica molecular de los Laboratorios Nacionales Sandia.  LAMMPS hace uso de MPI para la comunicación en paralelo y es un  código libre/abierto, distribuido bajo los términos de la Licencia Pública General de GNU. Versión del 5 de Junio de 2019. Información General LAMMPS es … Sigue leyendo

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Gaussview

Versión 5.0.9 de Gaussview, interfaz gráfica para la creación y análisis de trabajos de . Para su uso basta con ejecutar: gv Se recomienda usarlo en Guinness a través de NX-Client. Para ver como configurarlo correctamente seguir esta guía paso … Sigue leyendo

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Turbomole

Presently TURBOMOLE is one of the fastest and most stable codes available for standard quantum chemical applications. Unlike many other programs, the main focus in the development of TURBOMOLE has not been to implement all new methods and functionals, but … Sigue leyendo

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MACROMODEL

Macromodel es un paquete de Schrodinger Download article as PDF

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NAMD

La versión instalada es la 2.8 Programa con potenciales empíricos que incluye dinámica molecular, minimización de energía y Monte Carlo, desarrollado en la Universidad de Illinois. Especialmente orientado a la simulación de sistemas biológicos. El software se encuentra instalado tento … Sigue leyendo

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GROMACS

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AMBER

Información general Versión 14 de AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) junto con amber tools15. Programa con potenciales empíricos que incluye dinámica molecular, minimización de energía. Especialmente orientado a la simulación de sistemas biológicos. Cómo usar Están compilados las versiones en serie y … Sigue leyendo

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QSITE

QSITE es un paquete de Schrodinger que realiza cálculos QM/MM utilizando JAGUAR para la parte QM, pudiéndose también utilizar de modo independiente. Download article as PDF

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NWchem

Información general Nwchem es un paquete de química computacional con varios métodos para calcular propiedades de sistemas moleculares y periódicos, usando descripciones mecánico-cuánticas estándar para las funciones de onda o la densidad electrónica. Además, puede realizar simulaciones de dinámica molecular … Sigue leyendo

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