La única fuente de adquisición de objetos de nuestro Museo son las donaciones de instituciones o de particulares. Con el paso de los años se han incorporado a nuestros fondos documentos que hemos ido agrupando en una nueva sala separada del Archivo Administrativo. El Archivo Histórico que va surgiendo, y que no esta abierto al público, contiene el archivo de historias clínicas de los doctores Goti, y otros materiales del siglo XX como los libros de registro y gráficas de los intervenidos por el cirujano Rementería  en la Guerra Civil (1936-1939), libros de producción de Altos Hornos de Vizcaya, etc. Las Salas están dedicadas a dos cofundadores del museo, el que fuera catedrático de Historia de la Medicina en la Universidad de Salamanca, Luis S. Granjel (1920- ) y el ilustre médico guipuzcoano Ignacio Mª Barriola (1906-1998).