Nuestras actividades de investigación se centran en:

• La sistemática y los estudios filogenéticos, que junto con la morfología comparativa se utilizan para conocer las relaciones filogenéticas existentes a nivel de especies y taxones superiores, contribuyendo al conocimiento de los procesos de evolución y especiación y la reconstrucción del árbol de la vida .
• Estudios filogeográficos, con el fin de comprender los procesos espaciales y temporales que acompañan a la variación genética. Esto nos permite conocer como se produce la distribución actual de los diferentes linajes genéticos y como la estructura de las poblaciones viene determinada por su historia evolutiva.
• El uso de la información filogenética y filogeografía para delimitar las Unidades Significativamente Evolutivas (UES) y las Unidades de Gestión (UM) que precisan planes de acción de gestión concretos.
• El estudio de los procesos de hibridación y la introgresión genética, tanto naturales como provocados por el hombre. Con este objetivo en mente, estamos particularmente interesados en estudiar el efecto de las actividades de repoblación llevadas a cabo sobre diferentes especies.
• Inferir la conectividad funcional del paisaje mediante e la  genética del paisaje que permite el uso combinado de la modelización SIG y los datos genéticos con el fin de entender cómo las características del paisaje y del medio ambiente influyen en la estructura genética de las poblaciones.
• La aplicación de metodologías SIG para el desarrollo del análisis y modelización de la distribución de especies.
• Desarrollo y aplicación de métodos de análisis genético mediante técnicas no invasivas que resulten eficaces y fiables para la diferenciación de especies, poblaciones e individuos con el fin de poder monitorizar y establecer seguimientos de especies elusivas.
• En resumen, nuestro interés científico principal se centra en el conocimiento de (1) los procesos que intervienen en el origen y mantenimiento de la biodiversidad, (2) la distribución geográfica de los linajes genéticos, y (3) la aplicación de este conocimiento para una adecuada gestión y conservación de la Biodiversidad.