DNA BANKUA

Tresnak

Euskal Herriko Unibertsitateko (UPV/EHU) DNA Bankuko unitateak, ondorengo eginkizunetarako beharrezkoak diren ekipoak ditu:

  • Natura biologikoa duen edozein lagin mantendu eta zaintzeko.
  • Azido nukleikoen analisi molekularrerako, bai ADN eta bai RNA.

Guztiak aurkitzen dira bi anbitoetan lan egiteko bereziki diseinatua dagoen eta praktika onen protokoloak betetzen dituen 210 m2-ko laborategi batean integratuta. Bere osotasunean, hiru zona nagusi eta independienteak ditu ondorengo eginkizunetarako bideratuak:

  • ADN zein RNA erauzteko eta PCR-a prestatzeko gela. Kasu honetan, isolatuta dauden 7 zona ezberdinetan, zeinetara presio positiboko sarbide baten bidez pasa gaitezke, kutsadura gurutzatuak ekidituz:
    • Lab1. PCR prestaketa.
    • Lab 2. ADN erauzketa zelulariate gutxi edo degradatuta dauden laginetan.
    • Lab 3 eta 4. ADN erauzketa degradazio altua duten laginetan.
    • Lab 5. ADN erauzketa zelularitate altua eta ondo kontserbatuta dauden laginetan.
    • Lab 6. ARN erauzketa.
    • Lab 7. Laguntza zona: argazkien eregistroa eta laginen prozesamendua.
  • post PCR laginen analisia.
  • Laginen zainketa eta kontserbazioa.

Kontserbazio eta zaintzarako ekipamendu nagusia hurrengoa da:

  • Azido nukleikoen erauzketa automatikorako ekipoa.
  • Lan estazio automatikoak.
    • Biomek 3000 (Beckam Coulter) likido dispensadorea.
    • Stalet (Hamilton) likido dispensadorea.
    • 2D XL20 (BioMlcroLab) hodi antolatzailea.
  • Azido nukleikoen kuantifikazioa.
    • Espectrofotometria:
      • Nanodrop 1000 (GE)
      • DTX880 (Beckam Coulter)
    • Fluorimetria:
      • Nanodrop 3300 (GE)
      • DTX880 Multimode Detector (Beckam Coulter)
    • Electroforesis:
      • Bioanalyser 2100 (Agilent)
  • AND Bankua
    • -20ºC izozkailuak (Liebherr)
    • -80ºC izozkailua (Panasonic)
    • – 152ºC ultraizozkailuak 
    • ARPEGE N2 likido kontenedoreak

Azido nukleikoen, AND zein ARN, analisi molekularrentzako ekipamendu garrantzitsuena ondorengoa da:

  • Ohiko termoziklatzaileak (BioRad eta Applied Biosystem).
  • ABI7000 (Applied Biosystems) denbora errealeko termoziklatzailea.
  • ABI3130 Sekeuntziadorea (Applied Biosystems).
  • Pyromark Q96 (Qiagen) pirosekuentziadorea.
  • dHPLC (Transgenomic) mikroarray-en irakurketa Axon 4100 (Axon)

Laborategiko beste ekipo orokor garrantzitsu batzuk:

  • Integral (Millipore) milliQ ura purifikatzeko sistema.
  • Mikrotuboentzako zentzrifugak eta Falkon moduko hodiak (Beckam).
  • Bood mixer (Labolan).
  • EOS 100D (Canon) kamera digitala.
  • Ultraviolet Crosslinker (Amersham Life Sciences)
  • Freezer Mill 6750 (Spex)
  • Microtomo manuala (comecta)
  • AND DNA kontzentratzaile txikia (Heto)
  • Azido nukleikoen hibridazio Sistema:
    • Azido nukleikoen hibridazio labea.
    • UV labea azido nukleikoak mintzei eransteko.
    • Bainu termostatikoa
  • Elektroforesi Sistema:
    • 3000 eta 300 V-ko korronte jarraiko iturriak.
    • SSCPs eta agarosa, elektroforesi desnaturalizantearentzako kubak.

ADNaren ERAUZKETA AUTOMATIKOA EGITEKO EKIPAMENDUA

Automate ExpressTM Forensic DNA Extraction System (Applied Biosystems).

Kalitate altuko eta inibitzailerik gabeko ADNa, lagin konplexuetan, edo AND gutxidun laginetan zein ADNa degradatua duten laginetan erauzteko diseinatutako ekipamendua: lagin biologikoen orbanak eta hisopoak (odola, listua, semena,…), hilea, hezurra, parafinetan dauden laginak, txikleak,…

Automate ExpressTM-ak ADNaren erauzketarako pausu guztiak automatikoki garatzen ditu, aldez aurretik, diseinatuta eta balidatuta dituen protokoloetako bat aukeratuz.

Laginaren lisiaren ondoren, 13 laginen erauzketa egin daiteke 30 minututan gutxi gora behera (denborak lagin beraren araberakoa izaten dira), inolako pipeteoren beharrik gabe eta inolako transpozizio akatsik egin gabe.

Erabiltzen diren kit-ak, disoluzio berezia erabiltzen dute, PCRaren inibitzaile ohikoenak ahalik eta gehien ezabatzeko, ADNaren galera garbiketa prozesuan ekidituz.

ADNaren berrezkurapena eluzio bolumen ezberdinetan egin daiteke, ondoren egin daitezkeen aplikazioentzako egokiak izanik, hala nola, PCR kuantitatiboa denbora errealean, eta fragmentuen analisia (STRs).