Archivo mensual: agosto 2010

Octave

Versión 3.2.3 en Itanium, Opteron y Péndulo y 3.2.4 en Xeon del programa matemático de cálculo numérico. Download article as PDF

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scilab

Versión 5.1.1 en (Itanium, Opteron y Péndulo) y 5.2.2 en Xeon del programa matemático de cálculo numérico. Características generales Está instalado en los nodos opteron de Arina y en Péndulo. La interfaz gráfica sólo está disponible en Péndulo y Guinness. … Sigue leyendo

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Matlab

Información general Versión 7.9 (2009b) en los nodos Opteron y 7.12 (2010a) en los Xeon (por temas de compatibilidad)  del versátil programa matemático que incluye cálculo numérico, simbólico, visualización y lenguaje de programación (scripts de Matlab). Cómo ejecutar Matlab En modo … Sigue leyendo

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Mathematica

Información general Versátil programa matemático que incluye cálculo numérico, simbólico, visualización y lenguaje de programación (scripts de Mathematica). En Guinness y sus nodos oxeon está instalada la versión 10.0 y en Arina (en los nodos itanium) y la versión 6.0 … Sigue leyendo

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Espresso

Información general opEn-SourceP ackage for Research in Electronic Structure, Simulation, and Optimization Versión 6.1  del paquete de programas de cálculo ab-initio de DFT con pseudo-potenciales (ultrasoft y PAW-augmented wave method), desarrollado en DEMOCRITOS National Simulation Center of the Italian INFM. Consta de un programa de estructura … Sigue leyendo

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STAR-CCM+

Información general StarCCM+ es un programa de Dinámica de Fluídos.  La versión actual es la 14.04.013. En la arquitectua Itanium la última versión soportada e instalada es la 6.04. Si se ejecuta Starccm+ en cualquiera de los servidores se abre … Sigue leyendo

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Abinit

Información General Versión 7.0.4 del programa de cálculo ab-initio de DFT con base de ondas planas y pseudo-potenciales (ultrasoft y PAW-augmented wave method), desarrollado en la Universidad Católica de Lovaina. Permite realizar relajaciones atómicas (dinámica molecular). Download article as PDF

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Jaguar

Jaguar es un paquete de Schrodinger que realiza cálculos QM. Tenemos una licencia para 8 procesos (en n procesadores, n <= 196), y es valida hasta febrero del 2010. La renovación de esta dependerá del uso del programa. Download article … Sigue leyendo

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Librerías FFTW

Librerías Fastest Fourier Transform in the West para relizar todo tipo de transformadas de Fourier. Está instalada la versión 3.3.3 en /software/fftw. Se han compilado con varios tipos (threads, simple precission,etc) Para linkarlas se debe usar -L/software/fftw -lfftw3 Ante cualquier … Sigue leyendo

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Librerías MPI

Información general Las Librerías MPI son las más utilizadas a la hora de realizar cálculos distribuidos. Existen numerosas variedades. En el servicio tenemos HP-MPI. MPIbull2 … Las últimas versiones disponibles son IntelMPI 4.0.3, MPIbull2 1.3, hpMPI 2.02, openMPI 1.4 y … Sigue leyendo

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Compiladores de Intel

Información general Recomendamos en general, pero encarecidamente en los nodos Itanium2, los compiladores de Intel sobre los de GNU. En los itanium2 hemos llegado a acelerar un programa en 50 veces con solo compilarlo con el de Intel. Hemos realizado … Sigue leyendo

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Librerías Matematicas de Intel (MKL)

Información general Estas librerías incluyen las librerías LAPACK y BLAS, pero también transformadas de Fourier, PARDISO (resuelve grandes sistemas de equaciones lineales), funciones matemáticas (Vector Math Library-VML) y funciones estadísticas (Vector Statistical Library-VSL). Están disponibles en todas las máquinas del … Sigue leyendo

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Política de acceso al Servicio

El Servicio General de Informática (Cálculo Científico) es parte de los Servicios Generales de Investigación de la UPV/EHU (SGIker) y por lo tanto, cumple sus protocolos y reglamentos. Download article as PDF

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Solicitud de cuentas

Todo investigador de la UPV/EHU tiene acceso a los recursos computacionales. Personas no contratadas por la UPV/EHU deberán contar con el apoyo de un aval perteneciente a la UPV/EHU. Los usuarios externos de empresas o institutos públicos deben de contactar … Sigue leyendo

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Publicaciones

Publicaciones obtenidas con ayuda del servicio. Download article as PDF

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Informes

Informes técnicos sobre el uso varias aplicaciones en Arina. Download article as PDF

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Presentaciones

Presentación del Servicio a los alumnos de la asignatura «Arquitecturas Paralelas» en la Facultad de Informática (17-12-2010). Download article as PDF

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Sistema de Colas TORQUE/MAUI

En el servidor es posible compilar y realizar pequeños test, los trabajos de más de una hora son automáticamente eliminados. Para realizar cálculos mayores es necesario enviarlos a través del sistema de colas. Download article as PDF

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Los recursos materiales y humanos están a disposición de empresas y agentes externos a la universidad. Para más información . Download article as PDF

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Tarifa Interna

Información general La tarifa interna se aplica a investigadores y centros de la UPV/EHU. Incluye servicio técnico y de aplicaciones. Estas tarifas estarán vigentes desde el 15 de Septiembre de 2021 hasta el 15 de Septiembre de 2022. Tarifas por … Sigue leyendo

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Tarifa para empresas

Tarifa por CPU Tarifa para organismos privados. La tarifa por el uso de los recursos computacionales es de 0.016 €/hora y por core (cpu simple) (sin IVA). Incluye soporte técnico de para tareas y problemas comunes. No está incluido el … Sigue leyendo

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Solicitar tiempo de cálculo

Se debe de solicitar tiempo de cálculo en Arina para poder calcular. El tiempo de cálculo podrá ser solicitado por cualquier profesor o investigador contratado por la UPV/EHU u ente externo (instituciones públicas o privadas, empresas,…). Los investigadores de la … Sigue leyendo

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Qsub interactivo

Si se ejecuta simplemente qsub sin añadir ningúna orden más: qsub este entrará en modo interactivo, nos realizará unas preguntas simples, que nos guiará en el proceso para enviar varios tipos de trabajo de un modo sencillo. Se puede usar … Sigue leyendo

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Qsub tradicional

Ejecutar en la línea de comandos qsub script_file donde el archivo script_file contiene las directivas para el gestor de colas TORQUE y los comandos a ejecutar para poner el trabajo en marcha. En las siguientes secciones se detallan ciertos scripts. … Sigue leyendo

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Enviar trabajos a Arina y Pendulo

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Comandos de interés del Sistema de Colas

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Cómo mandar NWchem

send_nwchem Para lanzar al sistema de colas Nwchem existe la utilidad send_nwchem. Al ejecutarlo, muestra la sintaxis del comando, que se resume a continuación: send_nwchem JOBNAME PROCS[property] TIME MEM [«Otherqueue options» ] JOBNAME: Nombre del input de nwchem sin extensión. … Sigue leyendo

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Cómo mandar Gaussian

Comando send_gauss El comando send_gauss envía los cálculos con g09. Recomendamos el uso del comando send_gauss. Este comando preparará script de TORQUE y lo enviará a la cola. El fichero de log (*.log) se mantendrá en el /scratch del nodo … Sigue leyendo

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Estadísticas

Estadísticas mensuales sobre el uso de Arina y Péndulo. Download article as PDF

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