Archivo por meses: enero 2012

Genepop

Genética, Software de Cálculo

Información general

Versión 4.1.

Genepop is a population genetics software package, which has options for the following analysis: Hardy Weinberg equilibrium, Linkage Disequilibrium, Population Differentiation, Effective number of migrants, Fst or other correlations.

Cómo ejecutar

Para ejecutarlo en el sistema de colas debéis de incluir en el script para el sistema de colas la línea:

/software/bin/Genepop < input_file

donde input_file tiene los parametros de Genepop, i.e, las respuestas a las preguntas que realiza en interactivo. Os recomendamos usar [intlink id=»233″ type=»post»]qsub en interactivo[/intlink].

 

Más información

Página web de Genepop.

CLUMPP

Genética, Software de Cálculo

Información general

Versión 1.1.2. CLUMPP is a program that deals with label switching and multimodality problems in population-genetic cluster analyses. CLUMPP permutes the clusters output by independent runs of clustering programs such as [intlink id=»5855″ type=»post»]structure[/intlink], so that they match up as closely as possible. The user has the option of choosing one of three algorithms for aligning replicates, with a tradeoff of speed and similarity to the optimal alignment.

Cómo ejecutar

Para ejecutarlo en el sistema de colas debéis de incluir en el script para el sistema de colas la línea:

/software/bin/CLUMMP

con las opciones necesarias para CLUMPP. Os recomendamos usar [intlink id=»233″ type=»post»]qsub en interactivo[/intlink].

 

Más información

Página web de CLUMPP.

Structure

Genética, Software de Cálculo

Información general

Versión 2.33.

The program structure is a free software package for using multi-locus genotype data to investigate population structure. Its uses include inferring the presence of distinct populations, assigning individuals to populations, studying hybrid zones, identifying migrants and admixed individuals, and estimating population allele frequencies in situations where many individuals are migrants or admixed. It can be applied to most of the commonly-used genetic markers, including SNPS, microsatellites, RFLPs and AFLPs.

Cómo ejecutar

Para ejecutar la interfaz gráfica de usuario ejecutar en Péndulo, Maiz o Guinness

structure

Para poder ejecutar aplicaciones gráficas leer [intlink id=»48″ type=»post»]cómo acceder a Arina[/intlink].

Para ejecutarlo en el sistema de colas debéis de incluir en el script para el sistema de colas la línea:

/software/bin/structure

con las opciones necesarias para structure. Os recomendamos usar [intlink id=»233″ type=»post»]qsub en interactivo[/intlink].

 

Más información

Página web de structure.

MCCCS Towhee 7.0.2

Bioquímica, Software de Cálculo

Towhee es un código de Monte Carlo (libre) de simulación molecular diseñado originalmente para la predicción de equilibrio en fluidos utilizando campos de fuerza basados en átomos.

Información General

Towhee puede utilizar varios tipos de conjuntos estadistícos  l (NVT, NpT, uVT, NVT and NpT) varios pasos Montecarlo  y también diferentes campos de fuerza. (Más información).

Cómo Usar

send_towhee

  • Para enviar Towhee  en el sistema de colas se ha creado la utilidad send_towhee. Cuando se ejecuta,
    se muestra la sintaxis del comando, que se resume a continuación:
  • send_towhee JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]
JOBNAME: Nombre del Output.
NODES: número de nodos.
PROCS: Número de  procesadores.
TIME: Tiempo solicitado al sistema de colas: formato hh:mm:ss.
MEM: Opcional. Memoria en Gb ( It will used 1GB/core if not set).
[``Other Torque Options'' ] Opcional. Otras opciones que se quieran pasar al sistema de colas.   More information about this options

Ejemplos

Enviamos la entrada Towhee   a un nodo, cuatro procesadores en ese nodo, con un tiempo de 4 horas solicitado. El output generado estara en el fichero OUT

send_gulp OUT 1 4 04:00:00

Enviamos un trabajo a 2 nodos compuation, 8 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 192 horas, 8 GB de memoria RAM y para empezar a correr después del trabajo 1234.arina haya terminado:

send_gulp OUT 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'

Enviamos el  Trabajo a 4 nodos y 4 procesadores en cada nodo, con el tiempo de 200 horas, 2 GB de RAM y solicitamos se nos envíe un correo electrónico al principio y al final del cálculo de la dirección especificada .

send_gulp OUT 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

El comando send_gulp  copia el contenido del directorio desde donde se envió el trabajo al /scratch o   /gscratch, si utilizamos dos o más nodos, y ahí es donde se hace el cálculo.

Jobs Monitoring

Para facilitar el seguimiento y/o control de los cálculos Towhee, se puede utilizar remote_vi

remote_vi JOBID

Nos muestra el archivo  output indicado en send_towhee  (sólo si ha sido enviado con send_towhee).

Más información

http://towhee.sourceforge.net/

Gulp 4.0

Bioquímica

Información General

GULP es un programa para llevar a cabo una variedad de tipos de simulación de materiales a partir de las condiciones de contorno de 0-D (moléculas y clusters), 1-D (polímeros), 2-D (superficies, losas, …), o 3 -D (sólidos periódicos). El objetivo del código es una solución analítica, a través del uso de la «dinámica de red» (cuando sea posible) en lugar de dinámica molecular. Se pueden utilizar una gran variedad de campos de fuerza  dentro de GULP que abarca el modelo de capas de materiales iónicos, la mecánica molecular para los sistemas orgánicos, el modelo del átomo embebido de los metales y el potencial REBO de hidrocarburos. Se incluyen derivadas analíticas  por lo menos de segundo orden para la mayoría de los campos de fuerza, y de tercer orden para muchos.

Está instalado en guinness:/software/Gulp

Cómo Usar

Antes de usar GULP por favor verifica que cumplas las condiciones de uso.

send_gulp

  • Para enviar GULP en el sistema de colas se ha creado la utilidad send_gulp. Cuando se ejecuta,
    se muestra la sintaxis de comandos, que se resume a continuación:
  • send_lmp JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'' ]

 

JOBNAME: El nombre del input con extensión.
NODES: Número de nodos.
PROCS: Número de  procesadores.
TIME: Tiempo pedido al sistema de colas, formato hh:mm:ss.
MEM: Optional. Memora en Gb (Si no se especifíca usará 1GB/core).
[``Other Torque Options'' ] Optional.  Otras .   More information about this options

Ejemplos

Enviamos la entrada GULP Job1 a un nodo, cuatro procesadores en ese nodo, con un tiempo de 4 horas solicitado:

send_gulp job1.gin 1 4 04:00:00

Enviamos un trabajo a 2 nodos compuation, 8 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 192 horas, 8 GB de memoria RAM y para empezar a correr después del trabajo 1234.arina haya terminado:

send_gulp job2.gin 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'

Enviamos el  Trabajo a 4 nodos y 4 procesadores en cada nodo, con el tiempo de 200 horas, 2 GB de RAM y solicitamos se nos envíe un correo electrónico al principio y al final del cálculo de la dirección especificada .

send_gulp job.gin 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

El comando send_gulp  copia el contenido del directorio desde donde se envió el trabajo al /scratch o   /gscratch, si utilizamos dos o más nodos, y ahí es donde se hace el cálculo.

Jobs Monitoring

Para facilitar el seguimiento y/o control de los cálculos GULP, se puede utilizar remote_vi

remote_vi JOBID

Nos muestra el archivo *. out (sólo si ha sido enviado con send_gulp).

Más información

http://projects.ivec.org/gulp/

LAMMPS

MM/MD, Software

LAMMPS (“Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator”) es un programa de dinámica molecular de los Laboratorios Nacionales Sandia.  LAMMPS hace uso de MPI para la comunicación en paralelo y es un  código libre/abierto, distribuido bajo los términos de la Licencia Pública General de GNU. Versión del 5 de Junio de 2019.

Información General

LAMMPS es un código de dinámica molecular clásica que  modela conjuntos de partículas en estado líquido, sólido o gaseoso. Puede modelar sistemas atómicos, poliméricos, biológicos, sistemas metálicos, granulados, y de grano grueso usando una variedad de campos de fuerza y ​​condiciones de contorno.

En sentido más general, LAMMPS integra  las ecuaciones de movimiento de Newton para las colecciones de los átomos, moléculas o partículas macroscópicas que interactúan a través de fuerzas de corto o de largo alcance con una variedad de Newton condiciones iniciales y/o  de contorno.

Para lograr  eficiencia computacional, LAMMPS utiliza listas de vecinos para realizar un seguimiento de las partículas cercanas. Las listas están optimizadas para sistemas de partículas que son repulsivas en las distancias cortas, por lo que la densidad local de partículas nunca se vuelve demasiado grande. En las máquinas en paralelo, LAMMPS utiliza técnicas de descomposición espacial de la partición del dominio de simulación 3D en pequeños sub-dominios, uno de los cuales se asigna a cada procesador. Los  procesadores  comunican y almacenan la información de átomos «fantasma»  que rodean a sus sub-dominios. LAMMPS es más eficiente (en el sentido de cálculos en paralelo) para sistemas cuyas partículas llenan una caja rectangular en 3D con una densidad más o menos uniforme. Artículos con los detalles técnicos de los algoritmos utilizados en LAMMPS se enumeran en esta sección.

 

Cómo Usar

send_lmp

  • Para enviar LAMMPS en el sistema de colas se ha creado la utilidad send_lmp. Cuando se ejecuta,
    se muestra la sintaxis de comandos, que se resume a continuación:
  • send_lmp JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME [ MEM ] [``Other queue options'']

 

JOBNAME: Is the  name of the input with extension.
NODES: Number of nodes.
PROCS: Number of  processors.
TIME: Time requested to the queue system, format hh:mm:ss.
MEM: Optional. Memory in Gb ( It will used 1GB/core if not set).
[``Other Torque Options'' ] Optional. There is the possibility to pass more variables to the queuing system.
See examples below.   More information about this options

Ejemplos

Enviamos la entrada lammps Job1 a un nodo, cuatro procesadores en ese nodo, con un tiempo de 4 horas solicitado:

send_lmp job1.in 1 4 04:00:00

Enviamos un trabajo a 2 nodos compuation, 8 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 192 horas, 8 GB de memoria RAM y para empezar a correr después del trabajo 1234.arina haya terminado:

send_lmp job2.inp 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'

Enviamos el  Trabajo a 4 nodos y 4 procesadores en cada nodo, con el tiempo de 200 horas, 2 GB de RAM y solicitamos se nos envíe un correo electrónico al principio y al final del cálculo de la dirección especificada .

send_lmp job.inp 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

send_lmp comando copia el contenido del directorio desde donde se envió el trabajo al /scratch o   /gscratch, si utilizamos dos o más nodos. Y ahí es donde se hace el cálculo.

Jobs Monitoring

Para facilitar el seguimiento y/o control de los cálculos LAMMPS, se puede utilizar remote_vi

remote_vi JOBID

Nos muestra el archivo *. out (sólo si ha sido enviado con send_lmp).

Más información

http://lammps.sandia.gov