GROMACS

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 • Cómo usar

      • Ejemplos

 • Monitorización de los cálculos

 • Más información

Información general

2018 version. GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles.

It is primarily designed for biochemical molecules like proteins, lipids and nucleic acids that have a lot of complicated bonded interactions, but since GROMACS is extremely fast at calculating the nonbonded interactions (that usually dominate simulations) many groups are also using it for research on non-biological systems, e.g. polymers.

Cómo usar

send_gmx

Para lanzar GROMACS al sistema de colas existe la utilidad send_gmx. Al ejecutarlo, muestra la sintaxis del comando, que se resume a continuación:

send_gmx ``JOB and Options'' NODES PROCS_PER_NODE TIME MEM [``Other queue options'']
``JOB and Options'': Opciones del cálculo y nombre del input de GROMACS con extensión. Es muy importante mantener las comillas.
NODES: Número de nodos.
PROCS: Número de procesadores.
TIME: Tiempo solicitado a la cola, formato hh:mm:ss.
MEM: memoria en Gb y sin especificar la unidad.
[``Otras opciones de Torque''] Existe la posibilidad de pasar más variables al sistema de colas.
Ver ejemplos más abajo. Más información sobre estas opciones

Ejemplos

Mandamos GROMACS con el input job1 a 1 nodo, 4 procesadores de ese nodo, con un tiempo solicitado de 4 horas y 1 GB de RAM:

send_gmx ``-s job1.tpr'' 1 4 04:00:00 1

Mandamos GROMACS con el input job2 a 2 nodos, 8 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 192 horas, 8 GB de RAM y que se ejecute despues del trabajo 1234.arinab:

send_gmx ``-s job2.tpr'' 2 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234'

Mandamos GROMACS con el input job3 a 4 nodos y 4 procesadores en cada nodo, con un tiempo solicitado de 200:00:00 horas, 2 GB de RAM y que nos envíe un mensaje de correo al inicio y final del cálculo a la direción especificada.

send_gmx ``-s job.tpr'' 4 4 200:00:00 2 ``-m be -M mi.email@ehu.es''

El comando send_gmx copia el contenido del directorio desde el que se lannza al /scratch o /gscratch -si se usan 2 o más nodos-. Es allí donde realiza el cálculo.

Monitorización de los cálculos

Para facilitar el seguimiento y/o control de los cálculos estña el comando remote_vi que nos enseña con el editor predeterminado el md.log del cálculo de GROMACS (sólo si ha sido enviado usando send_gmx). Por otra parte, también se puede enviar creando un script pbs para Gromacs. Un script de ejemplo se puede crear usando send_gromacs.

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