1. Información general
2. Cómo usar
2.1. send_amber
3. Más información
1. Información general
Versión 14 de AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) junto con amber tools15. Programa con potenciales empíricos que incluye dinámica molecular, minimización de energía. Especialmente orientado a la simulación de sistemas biológicos.
2. Cómo usar
Están compilados las versiones en serie y paralelas de AMBER y se pueden encontrar en
/software/bin/amber
2.1. send_amber
Para mandar cálculos de AMBER se ha preparado el comando send_amber. Uso:
send_amber "Sander_options" Nodes Procs_Per_Node[property] Time [or Queue] [Mem] ["Other_queue_options"] Sander_options: the options you want to use in the calculation, inside quotes Nodes: is the number of nodes Procs: is the number of processors (you may uinclude the node type) per node. Time: or Queue the walltime (in hh:mm:ss format) or the queue name of the calculation Mem: the PBS memory (in gb) [Mem] and ["Other_queue_options"] are optional
Para «Other queue options» see examples below:
send_amber "sander.MPI -O -i in.md -c crd.md.23 -o file.out" job1 1 8 p_slow send_amber "sander.MPI -O -i in.md -c crd.md.23 -o file.out" 2 8:xeon vfast 16 "-W depend=afterany:1234" send_amber "sander.MPI -O -i in.md -c crd.md.23 -o file.out" 4 8 24:00:00 32 "-m be -M mi.email@ehu.es"
3. Más información