Hilabetekako artxiboa: September 2010

Download article as PDF

Gaussian kimika konputazionaleko pakete bat da. Hainbat metodo ditu sistema molekular eta periodikoen propietateak kalkulatzeko; uhin-funtzioetarako edo dentsitate elektronikorako deskripzio mekaniko-kuantiko estandarrak erabiltzen ditu. Download article as PDF

Informazio orokorra Vienna Ab-initio of Simulation Package DFT-ko ab-inito kalkulu programaren 5.4.4 bertsioa. Uhin lau eta pseudo-potentzialen (ultrasoft eta PAW-augmented wave method) oinarriarekin, Vienako Unibertsitatean garatua. Lasaitze atomikoak egitea baimentzen du (dinamika molekularra). VSTS tresnekin konpilatuta. Lizentzia izatea beharrezkoa da. Nola … Jarraitu irakurtzen →

Informazio orokorra 5.1 bertsioa HPMPI eta MPI-BULL-ekin konpilatua dago. QM eta QM/MM kalkuloak egiteaz gain, sistema periodikoak eta dinamika kuantikoa egiteko gai da programa hau. Informazio gehiago NWchem home page. Download article as PDF

Informazio orokorra NX terminal edo remotoko konexio grafiko bat egiteko tresna da. Gure PC-tik aplikazio grafikoak modu eraginkorrean erabilzteko oso gomendagarria da, esate baterako, Maestro, ADFView, starccm+, gaussview ea,. bezalako programa grafikoak. Konexioa Arinarekin egiterako garaian, Guinness, Pendulo edo Maiz … Jarraitu irakurtzen →

Schrodinger programa bat da  QM/MM kalkuluak egiten dituena. Download article as PDF

NBO5 Natural Bond Orbital programa. Download article as PDF

Schrodinger-en Mekanika Molekularra erabiliz hainbat kalkuku mota egiten dituen programa da. Informazio Orokorra 2011-ko otsaileraino izango da erabilgarria. Lizentziaren berritzea erabileraren araberakoa izango da. 18 schrodinger token daude, macromodelek 2 behar ditu kalkulatzeko. Token-en egoera ikusteko checklicenses tresna erabili dezakezue … Jarraitu irakurtzen →

Jaguar Schrodinger-ek sortutako QM kalkuluak egiten dituen programa da. Arinan, 8 prozesu eduki ditzakegu batera kalkulatzen, bakoitza, nahi adina prozesagailutan. Lizentziaren berritzea erabileraren araberakoa izango da. Download article as PDF

Illinois-eko Uniberstitateak Dinamika Molekularreko kulkuluak egiten dituen kodea da NAMD. 2.6 Bertsioa dago instalatuta. Download article as PDF

Informazio orokorra 2018 bertsioa. GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles. It is primarily designed for biochemical molecules like proteins, lipids and nucleic … Jarraitu irakurtzen →

Quantum Monte Carloren Casino programaren 2.4 bertsioa, Cambridgeko Unibertsitatean garatua. Informazio orokorra Sistema finituei edo periodikoei aplikatzeko programa paralelotua, uhinen funtzioak hedatzeko oinarri anizkunekin. Baimena nahitaezkoa da. Nola erabili Exekutatzeko erabili runqmc agindua. Honek defektuz, casino lana 8 itanium core-tara bidlaiko du, … Jarraitu irakurtzen →

Multigrid Instead of K-spAce. DFT kalkuluak espazio errealean egiteko programa-paketearen .81 bertsioa, sistema periodiko eta finituetarako; bertsioa hauek garatu dute: CSC eta Helsinkiko Unibertsitate Teknologikoa (HUT). Download article as PDF

The Weather Research and Forecasting (WRF) Model (3.1 bertsioa) is a next-generation mesocale numerical weather prediction system designed to serve both operational forecasting and atmospheric research needs. Download article as PDF

Informazio Orokorra The NCAR Command Language (NCL), a product of the Computational & Information Systems Laboratory at the National Center for Atmospheric Research (NCAR), is a free interpreted language designed specifically for scientific data analysis and visualization. NCL has robust file input … Jarraitu irakurtzen →

Informazio orokorra DFTren ab-initio kalkulu-programaren 1.5 bertsioa. Wavelet base bat erabiltzen du espazio errealean. Download article as PDF

3.2.2 version of the program for Many-Body calculations in solid state and molecular physics. Download article as PDF

Informazio Orokorra DFTren ab-initio kalkulu-programaren 7.0.4 bertsioa, uhin lau eta pseudopotentzialeko (ultrasoft eta PAW-augmented wave method) oinarriduna; bertsioa Lovainako Unibertsitate Katolikoan garatu dute. Lasaitze atomikoak egiteko aukera ematen du (dinamika molekularra). Hainbat plugginekin konpilatu egin da netcdf, bigdft, wannier90, etsf_io eta libxc. Nola Erabili … Jarraitu irakurtzen →

Ab-initio kalkulu programaren 2k_14.2 bertsioa; full-potential (linearized) augmented plane-wave ((L)APW) + local orbitals (lo) method-etan oinarritua, Vienako Teknologia Unibertsitatean garatua. Download article as PDF

Informazio orokorra opEn-SourceP ackage for Research in Electronic Structure, Simulation, and Optimization DFTren ab-initio kalkulu-programa paketearen 6.1. bertsioa, uhin lau eta pseudopotentzialeko (ultrasoft eta PAW-augmented wave method) oinarriduna. Programa DEMOCRITOS National Simulation Center of the Italian INFMn garatu dute. Paketeak osagai hauek dauzka: uhin lauko … Jarraitu irakurtzen →

Informazio orokorra Tight Binding Linear Muffin-Tin Orbital DFTko programaren 4.6 bertsioa linear muffintin orbital (LMTO) metodoan oinarrituta. Dohaineko softwarea da baina egilearen baimena behar da. Nola erabili Programak exekutatzeko erabili adibidez: /software/bin/lm.run Itaniumetan konpilatu ahal izateko optimizazioa jaitxi behar izan … Jarraitu irakurtzen →

Informazio orokorra Amsterdam Density Functional (2016.01 bertsioa). The ADF package is software for first-principles electronic structure calculations. ADF is used by academic and industrial researchers in such diverse fields as pharmacochemistry and materials science. It is particularly popular in the research areas … Jarraitu irakurtzen →

Informazio orokorra Simulazio mikromagnetikoak egiteko programa. 1.2 bertsioa instalatuta dago. Ez da tcl-ko bertsio paraleloarekin kompilatu. Nola erabili oommf.tcl egikaritzen bada grafikoki lan egin dezakegu kalkuluak prestatzeko eta emaitzak aztertzeko. Kalkulu koletara bidaltzeko ondorengo agindua exekutatu dezakezue send_oommf eta koleentzako … Jarraitu irakurtzen →

Informazio orokorra Kimika Konputazional programa bat da, sistema molekularren hainbat ezaugarri kalkulatu ditzakeenak metodo desberdinak erabiliz. Esteka honetan ikus dezakezu nola Gamess lanak bidali kola sistemara eta nola monitorizatu hauek. Informazio gehiago GAMESS-US web orria Download article as PDF

Informazio orokorra: Dirak programa Zerbitzuko makina guztietan instalatua dago /software/Dirac08 katalogoan. Programa honek molekulen propietateak modelo kimiko kuantiko erlatibistak erabiliz kalkulatzen ditu. Nola erabili Zerbitzuko edozein makinatan erabiltzeko, torque script bat sortu behar da eta dirac-en pam erabili lanak bidaltzeko. SGI/IZO-k pam … Jarraitu irakurtzen →

Informazio orokorra Blast2GO is an ALL in ONE tool for functional annotation of (novel) sequences and the analysis of annotation data. 2.5 bertsioa instalatuta dago. Nola exekutatu Maiz, Pendulo edo Guinnessen exekutatzen bada blast2go bertsio grafikoa exekutatzen da eta Blast2GOko … Jarraitu irakurtzen →

Informazio orokorra mpiBLAST blast-en  bertsio paralelo bat da nodo askotan exekutatu ahal izateko. 1.6.0 bertsioa instalatuta dago. Proteinen eta nukleotidoen sekuentziak alderatzen ditu base datuekin erlazio funtzionalak eta ebolutiboak ikertzeko eta gen familien kideak identifikatzeko. Errendimendu arrazoiengatik ez da Itanium nodoetan … Jarraitu irakurtzen →

Informazio orokorra BEAST 1.8.2 is a cross-platform program for Bayesian MCMC analysis of molecular sequences. It is entirely orientated towards rooted, time-measured phylogenies inferred using strict or relaxed molecular clock models. It can be used as a method of reconstructing … Jarraitu irakurtzen →

StarCD CFD programa bat da, eta bere bi bariante desberdinak daude Arina, Arinaz eta Maiz-en instalatuta. StarCD y StarCCM+. Stardesign tresna berriz, Maizen dago bakarrik erabilgarri.Stardesign. Programa hauek rabiltzeko: Starcd 3.26 Lehengo starcd3 egikaritu eta ondoren erabiltzea nahi den tresna, adibidez: starlaunch &. Starcd … Jarraitu irakurtzen →

Informazio orokorra StarCCM+ CFD programa bat da. Bi bariante daude zerbitzuan, StarCCM+ 14.04.013 bertsioa. Itanium arkitekturarentzako egindako azken bertsioa eta instalatutakoa 6.04 da. StarCCM+ Zerbitzuko zerbitzari batean exekutatzen bada aplikazio grafikoa irekitzen da, nodoetan  bitartez exekutatu behar, da interfaz grafikorik gabe. … Jarraitu irakurtzen →

Informazio orokorra Erabilera anitzeko matematika-programa, osagaiak: kalkulu numerikoa eta sinbolikoa, bistaratzea eta programazio-lengoaia (Mathematicaren script direlakoak). Guinnessen 10.0 bertsioa instalatuta dago eta Arinan (itanium nodoetan) 6.0a. Katramila eta nodo berrientzako 11.2 bertsioa instalatuta dago. Mathematica paralelizatu daiteke. Nola erabili Interaktiboan … Jarraitu irakurtzen →

Informazio orokorra Erabilera anitzeko matematika-programaren 7.9 (2009b) bertsioa Opteronetan eta 7.12 (2010a) Xeonetan (inkopatibilitateak direla eta). Osagaiak: kalkulu numerikoa eta sinbolikoa, bistaratzea eta programazio-lengoaia (Matlab script direlakoak). Nola erabili Bakarrik eskuragarri dago opteron eta xeonentzako beraz  edo  (gomendatuta) erabili behar … Jarraitu irakurtzen →

Ezaugarri Orokorrak Zenbakizko kalkuluko programa matematikoaren 5.1.1 bertsioa Itanium, Opteron eta Pendulo nodoetan eta 5.2.2 bertsioa Xeonetan. Interfaz grafikoa bakarrik Pendulon eta Guinnessen eskuragarri dago. Matlab-en antzekoa funtzionalitateei dagokienez. Ondokoentzako tresnak ditu: 2D eta 3D bistaratzea. Programazio hizkuntza (scripts de … Jarraitu irakurtzen →

Informazio orokorra 1.7.5 version. The Computational Infrastructure for Operations Research (COIN-OR**, or simply COIN) project is an initiative to spur the development of open-source software for the operations research community. Konpilatu egin da erabiliz. Nola erabili blis, cbc, clp, OSSolverService … Jarraitu irakurtzen →

Algebra diskreturako lengoaia matematikoaren 4.4 bertsioa. GAP 2.5 aldiz astiroago da itanium nodoetan opteron-etan edo core2duo-etan baino. Gomendatzen dizuegu interaktibon Maiz edo Péndulon exekutatzea. gap komandoa zuzenean exekutatu daiteke. Defektuz 512 MBetako lan ingurua erabiltzen du. Kola sistemako scriptetan beharrezkoa … Jarraitu irakurtzen →

Markoven ezkutuko ereduekin lan egiteko programaren 3.4.1 bertsioa. Batez ere mintzamenaren azterketaren ikerkuntzan erabiltzen da. Bakarrik Péndulon eta Opteron nodoetan instalatuta dago. Programaren bat exekutatzeko erabili adibidez: /software/bin/HDecode Informazio gehiagorako HTK web orrialdea. Download article as PDF

Informazio orokorra Python-entzako liburutegi matematikoak. Numpy liburutegiak eta ipython interpretea ere instalatu dira. Python berriz konpilatu behar izan da eta erabili behar dira exekutatzen: /software/bin/python o directamente ipython con /software/bin/ipython Informazio gehiago Matplotlib web orrialdea. Numpy web orrialdea. ipython web orrialdea. Download … Jarraitu irakurtzen →

Informazio orokorra 5.1.19 bertsioa instalatuta dago. Datu numerikoak bi dimentsiotan irudikatzeko aukera ematen du. Grafikak egiteko Grace WYSIWYG (What you see is what you get, hau da, Ikusten duzuna da Lortuko duzuna) motako programa da. Ez dago maizen instalatuta. Erabiltzeko honako … Jarraitu irakurtzen →

Informazio orokorra P4Vasp VASPekin egindako kalkuluen egitura, dentsitate elektronikoak… bistaratzeko pakete bat da Nola erabili Erabiltzaileek ziurtatu behar dute Zerbitzuko makinetan exekutatu aplikazio grafikoak erabiltzaile bakoitzaren ordenagailuan ikuzi ahal dituela. Hori  atalean azaltzen da. Erabiltzeko exekutatu p4v Informazio gehiago P4Vasp … Jarraitu irakurtzen →

Informazio orokorra Molden egitura eta dentsitate elektronikoak bistaratzeko pakete bat da; programa hauetako formatuak irakurtzen ditu Ab-Initio: GAMESS-UK , GAMESS-US, GAUSSIAN,… Radboud University Nijmegen uniertsitatean garatua. 4.4 bertsioa dago eskuragarri. Exekutatzekomolden idatzi besterik ez da egin behar. Nola erabili Erabiltzaileek ziurtatu … Jarraitu irakurtzen →

Informazio orokorra Xmakemol egitura atomikoak ikusteko pakete bat da. Eskuragarri dagoen bertsioa 5.14 da. Nola erabili Erabiltzaileek ziurtatu behar dute Zerbitzuko makinetan exekutatu aplikazio grafikoak erabiltzaile bakoitzaren ordenagailuan ikuzi ahal dituela. Hori  atalean azaltzen da. Exekutatzeko, hau erabili xmakemol Informazio … Jarraitu irakurtzen →