Archivo por meses: septiembre 2010

Siesta

Quantum Mechanics, Software de Cálculo

Información general

Spanish Initiative for Electronic Simulation with Thousands Atoms. Programa de cálculo ab-initio de DFT para sólidos y moléculas. Permite realizar relajaciones y simulaciones de dinámica molecular. Usa orbitales localizados y permite calcular con un gran número de átomos. Se distribuye gratuitamente, pero se requiere solicitar la licencia académica.  Las versiones instaladas son la 2.0.1 en Itanium y la 3.0rc1 en x86-64.

Cómo mandar Siesta

[intlink id=»1167″ type=»post»]Sigue este enlace[/intlink].

Más información

Siesta home page.

Manual en línea de Siesta.

DL_POLY

Bioquímica, Software de Cálculo

Información general

Versión 4.02 del completo programa de dinámica molecular para macromoléculas, polímeros, sistema iónicos, disoluciones y otros sistemas moleculares desarrollado en el Laboratorio Daresbury. Se ha instalado la versión 4.02 (2.2 en Pendulo). Existe también DL_POLY_CLASSIC que por el momento no se desarrolla.

 

El programa se ha compilado con soporte para GPGPUs.

Cómo mandar

El programa está instalado para todas las arquitecturas, en Arina y en Péndulo (dl_poly_2.2). Para ejecutar el programa incluir en los scripts:

/software/bin/DL_POLY/DL_POLY.Z

El programa se ejecutará en las GPGPUs si entra en dichos nodos. También se puede seleccionar este tipo de nodos con la etiqueta gpu del [intlink id=»244″ type=»post»] sistema de colas[/intlink].

También se ha instalado la interfaz gráfica. Para ejecutarla:

/software/bin/DL_POLY/gui

Se han instalado una serie de utilidades que vienen incluidas y cuyas fuentes están en el directorio /software/bin/DL_POLY/.

Benchmark

Presentamos los datos de tres pequeños benchmark realizados con dl_ploly_4.02 en los que se mide su paralelización así como su eficiencia sobre GPGPUs.

System 1 cores 4 cores 8 cores 16 cores 32 cores 64 cores
Itanium 1.6 GHz 1500 419 248 149 92 61
Opteron 1230 503 264 166 74
Xeon 2.27 GHz 807 227 126 67 37 25

Como ya observamos en este primer test el rendimiento en los nodos xeon es superior y para trabajos largos se recomienda su uso. Por otro lado también se observa que escala muy bien al aumentar el número de procesadores. En los siguientes benchmark además medimos el rendimiento de al correr sobre las GPGPUs.

System 1 cores 2 cores 4 cores 8 cores 16 cores 32 cores
Itanium 1.6 GHz 2137 303 165 93 47
Opteron 1592 482 177 134 55
Xeon 2.27 GHz 848 180 92 48 28
1 GPGPU 125 114 104 102
2 GPGPU 77 72 69
4 GPGPU 53 50
8 GPGPU 37
System 1 cores 2 cores 4 cores 8 cores 16 cores 32 cores 64 cores
Xeon 2.27 GHz 2918 774 411 223 122 71
1 GPGPU 362 333 338 337
2 GPGPU 240 222 220
4 GPGPU 145 142
8 GPGPU 97

 

Como se observa la GPGPU acelera el cálculo. El usar más cores apenas incrementa la velocidad cuando se usan GPGPUs. Doblar el número de GPGPUS sólo consigue que la velocidad se multiplique por 1.5 por lo que al final correr en paralelo en muchos cores resulta más eficiente. Tomemos como ejemplo el último benchmark. Cada nodo tiene 2 GPGPUs y 8 cores. Usando 8 cores se tarda 411 s. y usando las GPGPUs podemos bajar hasta los 220 s. Usando 2 nodos, 4 GPGPUs vs 16 cores aun son más rápidas las GPGPUs. Pero con 32 cores el cálculo tarda 71 s mientras que usando las 8 GPGPUs disponibles en los 4 nodos tardamos 97 s. Podemos concluir que para un PC o en nuestro cluster para un nodo la tarjeta gráfica puede acelerar significativamente el cálculo, pero para cálculos masivamente paralelos la paralelización sobre CPUs es más efectiva.

DL_POLY está diseñado para sistemas grandes e incluso el uso de miles de cores. Según la documentación de DL_POLY:

The DL_POLY_4 parallel performance and efficiency are considered very-good-to-excellent as long as (i) all CPU cores are loaded with no less than 500 particles each and (ii) the major linked cells algorithm has no dimension less than 4.

Más información

Página principal de DL_POLY.

Manual de DL_POLY (pdf).

Manual de la interfaz gráfica de DL_POLY (pdf).

NAMD

Bioquímica, MM/MD, Software de Cálculo

La versión instalada es la 2.8

Programa con potenciales empíricos que incluye dinámica molecular, minimización de energía y Monte Carlo, desarrollado en la Universidad de Illinois. Especialmente orientado a la simulación de sistemas biológicos.

El software se encuentra instalado tento en arina como en pendulo, el el directorio
/software/NAMD_2.6. Se ha creado también el script send_namd para enviar trabajos de NAMD.

Como mandar NAMD

Existen dos formas de ejecutar NAMD en Arina y Pendulo:

    • Usando send_namd.
    • Creando un script torque y enviar esté a la cola.
  1. send_namd
      • Para lanzar al sistema de colas NAMD existe la utilidad send_namd. Al ejecutarlo,
        muestra la sintaxis del comando, que se resume a continuación:
      • Modo de Uso:send_namd JOBNAME PROCS_PER_NODE[property] TIME MEM [«Other queue options» ]
        JOBNAME: Nombre del input de NAMD completo, con extensión
        NODES: Número de nodos
        PROCS: Número de procesadores.
        TIME: Tiempo solicitado a la cola, formato hh:mm:ss.
        MEM: memoria en Gb y sin especificar la unidad.
        [``Otras opciones de Torque'' ] Existe la posibilidad de pasar más variables al sistema de colas.
        Ver ejemplos más abajo. [intlink id=»244″ type=»post»]Más información sobre estas opciones[/intlink]

    Ejemplos:

    Mandamos NAMD con el input job1 a 16 procesadores  con un tiempo solicitado de 4 horas y 1 GB de RAM:

    send_namd job1.namd 2 8:xeon20 04:00:00 1

    Mandamos NAMD con el input job2 con 4 procesadores, y con un tiempo solicitado de 192 horas, 8 GB de RAM y que se ejecute despues del trabajo 1234.arinab:

    send_namd job2.conf 1 8 192:00:00 8 ``-W depend=afterany:1234''

Monitorización de los cálculos:

remote_vi Para facilitar el seguimiento y/o control de los cálculos, se puede utilizar remote_vi. Nos enseña con el editor gvim el *.out del cálculo de NAMD (sólo si ha sido enviado usando send_namd).

Ejemplos:

  • remote_vi 38143.arina

Más Información

NAMD home page.

 

 

 

 

AMBER

Bioquímica, MM/MD, Software de Cálculo

Información general

Versión 14 de AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) junto con amber tools15. Programa con potenciales empíricos que incluye dinámica molecular, minimización de energía. Especialmente orientado a la simulación de sistemas biológicos.

Cómo usar

Están compilados las versiones en serie y paralelas de AMBER y se pueden encontrar en

/software/bin/amber

send_amber

Para mandar cálculos de AMBER se ha preparado el comando send_amber. Uso:

send_amber "Sander_options" Nodes Procs_Per_Node[property] Time [or Queue] [Mem] ["Other_queue_options"]

Sander_options: the options you want to use in the calculation, inside quotes
Nodes: is the number of nodes
Procs: is the number of processors (you may uinclude the node type) per node.
Time: or Queue the walltime (in hh:mm:ss format) or the queue name of the calculation
Mem: the PBS memory (in gb)
[Mem] and ["Other_queue_options"] are optional

Para «Other queue options» see examples below:

send_amber "sander.MPI -O -i in.md -c crd.md.23 -o file.out" job1 1 8 p_slow
send_amber "sander.MPI -O -i in.md -c crd.md.23 -o file.out" 2 8:xeon vfast 16 "-W depend=afterany:1234"
send_amber "sander.MPI -O -i in.md -c crd.md.23 -o file.out" 4 8 24:00:00 32 "-m be -M mi.email@ehu.es"

Más información

Amber home page.

Manual en línea.

Tutoriales.

 

MIKA

Quantum Mechanics, Software de Cálculo

Multigrid Instead of K-spAce. Versión .81 del paquete de programas de cálculo DFT en el espacio real, tanto para sistemas periódicos, como finitos, desarrollado por el CSC y la Universidad Tecnológica de Helsinki (HUT).

Información general

Incluye un paquete que resuelve las ecuaciones de Kohn-Sham en 3 dimensiones (rspace) y otro para problemas con simetría cilíndrica (cyl2). Para más información MIKA home page

Como usar

  • rspace

    • Programa para cálculos DFT en celdas ortorrómbicas, usando pseudopotenciales no locales (dispone de una pequeña librería en /software/MIKA/potentials). Puede realizar simulaciones en celdas con condiciones periódicas de contorno y en sistemas finitos con funciones de onda que se anulan en los bordes de celda. Se puede ejecutar en paralelo (muy eficientemente) con

    mpirun /software/bin/rspace_p

    y en serie con

    rspace_s
  • cyl2

    • Programa para cálculos DFT en sistemas con simetría cilíndrica, resuelve numéricamente las ecuaciones de Kohn-Sham en la dirección radial y longitudinal. Se puede ejecutar en paralelo con

    mpirun /software/bin/cyl2_p

    Nota: No usar más microprocesadores n que el número cuántico m , se recomienda n menor o igual m. La versión en serie se ejecuta con

    cyl2_s

Más información

MIKA home page

Quick reference quide.

NCL – NCAR

Software de Cálculo

Información General

The NCAR Command Language (NCL), a product of the Computational & Information Systems Laboratory at the National Center for Atmospheric Research (NCAR), is a free interpreted language designed specifically for scientific data analysis and visualization. NCL has robust file input and output. The graphics are world class and highly customizable.

Como Ejecutar

Se ejecutan por ejemplo:

/software/bin/ncdump

o en el servidor directamente:

ncdump

Por ahora sólo está compilado para la arquitectura itanium2. Se ha compilado con soporte para NETCDF-4, HDF4, HDF5, HDFEOS, GRIB2, vis5d+ y usando triangle.

Más Información

Página web de NCL.

ADF

Quantum Mechanics, Software de Cálculo

Información general

Amsterdam Density Functional (2016.01)

The ADF package is software for first-principles electronic structure calculations. ADF is used by academic and industrial researchers in such diverse fields as pharmacochemistry and materials science. It is particularly popular in the research areas of homogeneous and heterogeneous catalysis, inorganic chemistry, heavy element chemistry, various types of spectroscopy, and biochemistry. Key Benefits of ADF

  • Spectroscopic properties and environments for any type of molecule
  • Excels in transition and heavy metal compounds
  • Accurate, robust, and fast
  • Expert staff and active community
  • Uses Slater functions, beats Gaussians!

ADF puede calcular tanto sistemas finitos (moléculas) y sistemas periódicos (con ADFBAND). Incluye potentes interfaces gráficas y herramientas para el análisis de los resultados accesibles desde Katramila.

Se dispone de licencia para 4 cores.

Cómo usar

Para ejecutar las interfaces gráficas (generador de input, visualización de resultados,…) usar desde Katramila:

adfview

Para lanzar un ADF en arina usar un input creado con adfinput recomendamos usar el comando send_adf donde su sintaxis es:

<code>send_adf JOBNAME NODES PROCS[property] TIME MEM [``Otherqueue options'' ]
  • JOBNAME: Nombre del input de nwchem sin extensión.
  • NODES: Number of nodes.
  • PROCS: Número de procesadores.
  • TIME: Tiempo solicitado a la cola, formato hh:mm:ss.
  • MEM: memoria en GB y sin especificar la unidad.
  • [«Otras opciones de Torque»] Existe la posibilidad de pasar más variables al sistema de colas. Ver ejemplos más abajo. Más información sobre estas opciones

Ejemplo

Para mandar el input au_min2.run a 4 procesadores, con un walltime de 20 horas y 4 GB de RAM usar

send_adf au_min2.run 1 4 20:00:00 4

Más información

Página principal de ADF.

Documentación de ADF

OOMMF

Software de Cálculo

Información general

Versión 1.2 del programa para realizar simulaciones micromagnéticas. No está compilado con la versión paralela de tcl.

Cómo usar

Ejecutando

oommf.tcl

nos aparece la interfaz gráfica. Para poder preparar y analizar los cálculos. Para mandar cálculos a las colas de cálculo se puede usar el comando

send_oommf

que nos crea un script adecuado y lo envía a la cola, además de asegurar la coherencia entre los cores solicitados al sistema de colas y a OOMMF.

Benchmark

Se ha realizado un pequeño benchmark con la versión 1.2. En la versión paralela en xeon OOMMF tiene un rendimiento aceptable hasta los 4 cores con el input empleado, no hemos realizado el benchmark paralelo en otras arquitecturas dado que los nodos xeon son los más adecuados.

Node type xeon20 xeon12 xeon8
Time
776
 905 1224

 

Más información

Página web de OOMMF.

Manuales de OOMMF.

GAMESS-US 12 JAN 2009 (R1)

Quantum Mechanics, Software de Cálculo

Información general

Gamess es un paquete de química computacional con varios métodos para calcular propiedades de sistemas moleculares, usando descripciones mecánico-cuánticas estándar para las funciones de onda o la densidad electrónica. La versión 12 JAN 2009 (R1) se encuentra instalada en el cluster. En estos momentos, se puede ejecutar gamess en varios nodos, con 8 o más procesadores.

[intlink id=»1037″ type=»post»]Como mandar Gamess[/intlink]

En este enlace puedes ver cómo mandar cálculos de Gamess y como ir monitorizándolos.

Más información

Página de GAMESS-US

Dirac 08

Quantum Mechanics, Software de Cálculo



Información general

La versión que se encuentra instalada en el cluster es DIRAC08. Dirac es un paquete de química computacional con varios métodos para calcular propidedades de sistemas moleculares usando mecánica-cuántica relativista.

Como ejecutar

Para ejecutar dirac hay que crear un script para torque y utilizar la herramienta de pam de dirac. El SGI/IZO ha actualizado pam deshabilitando la opción -mpi, ya que el sistema de colas se encarga de gestionar los procesadores. Dirac (bases y pam incuidos) esta instalado en /software/Dirac08.

Un script de ejemplo se encuentra aquí.

Benchmarks

El tipo de cálculos que realiza dirac requiere de bastantes recursos computacionales, y realiza muchas operaciones I/O por ello, no paralaliza muy bien como se puede ver en la pruebas realizadas:

nproc Itanium Opteron Pendulo (1:ppn=nproc)
1 2176 4650 3603
2 2056 (1.04) 3370 (1.37) 3100 (1.16)
4 990 (2.19) 1847 (2.5) 1840 (1.97)
8 730(2.98) 1054 (4.4) NA
El speed-up se muestra en negrita.

Input y sistema utilizado para los benchmarks.

Más información

Página de DIRAC y documentación.

Blast2GO

Genética, Software de Cálculo

Información general

Blast2GO is an ALL in ONE tool for functional annotation of (novel) sequences and the analysis of annotation data. Está instalada la versión 2.5.

Cómo usar Blast2GO

Si se ejecuta en Maiz, Péndulo o Guinness

blast2go

se ejecuta la versión gráfica que se conecta por red a las bases de datos de Blas2GO. No obstante, sólo en los nodos opteron y xeon hemos instalado localmente las bases de datos y para poder realizar cálculos de forma muy eficiente.

Para calcular en en los nodos basta incluir en el script de Torque:

/software/bin/blast2go -v -a -in input_file.xml -out outfile -prop b2gPipe.properties

o con las opciones deseadas y haber configurado correctamente el fichero b2Pipe.properties. Una plantilla de b2gPipe.properties la podéis copiar desde

cp /software/b2g4pipe/b2gPipe.properties .

Para acceder a las bases de datos locales configurar en el fichero b2gPipe.properties a través de la interfaz gráfica de Blast2GO (tools -> DB configuration) o editándolo directamente con los siguientes datos.

// GO and B2G-Mapping Database
Dbacces.dbhost=localhost
Dbacces.dbname=b2g
Dbacces.dbuser=blast2go
Dbacces.dbpasswd=blast4it

Es necesario incluir la etiqueta opteron para dirigir el cálculo a estos nodos y es un programa que se ejecuta en serie, es decir:

#PBS -l nodes=1:ppn=1:opteron

Si se desea actualizar o incluir alguna base de datos localmente contactar con los técnicos.

Más información

También está instalada la versión paralela de BLAST [intlink id=»1495″ type=»post»]mpiBLAST[/intlink].

Tutorial de Blast2GO.

Más información en la página web de Blast2GO.

mpiBLAST

Genética, Software de Cálculo

Información general

mpiBlAST es una versión paralela de blast que permite su ejecución paralela en muchos nodos. Está instalada la versión 1.6.0. Compara secuencias de nucleótidos o proteínas con bases de datos y para estudiar relaciones funcionales y evolutivas así como identificar miembros de familas de genes.

Por razones de rendimiento no se ha instalado en los Itanium.

En nuestras pruebas falla si el fichero de secuencias tiene secuencias de más de aproxímadamente 3150 bp.

mpiBLAST está basado en la antigua versión de blast y usa la sintáxis antigua. Puedes verla en este link.

Bases de datos

El Servicio tiene instaladas varias bases de datos para uso compartido, consulta con los técnicos para más información. Si quieres actualizar o instalar más bases de datos contacta con los técnicos para evitar copias múltiples innecesarias.

Cómo ejecutar

Para enviar trabajos al sistema de colas recomendamos el uso del comando

send_blast

Este comando realiza una serie de preguntas y permite lanzar mpiBLAST o el BLAST normal, así como trocear el fichero de datos orginal para paralelizar sobre los datos o ajustar el tiempo de ejecución a Péndulo.

También puedes crear tú propio script de [intlink id=»19″ type=»post»]Torque[/intlink] incluyendo esta línea.

/software/bin/mpiblast -use-virtual-frags -use-parallel-write -output-search-stats

Por ejemplo, para usar blastx con la base de datos nr y obtener los resultados en formato XML y luego poder usarlos con [intlink id=»1493″ type=»post»]Blast2GO[/intlink]:

/software/bin/mpiblast -use-virtual-frags -use-parallel-write -output-search-stats -p blastx -d nr -m 7 -I T -i input_file.fas -o out_file.xml

Para tener un script de ejemplo puedes ejecutar un vez send_blast. También tenemos programas para facilitar el uso de BLAST, consulta con los técnicos.

Es recomendable usar el flag -use-virtual-frags para que no realice una copia local de la base de datos, esta se cargará íntegramente en memoria. Para Péndulo, que tiene poca memoria por nodo, es importante saber cuanta memoria va a necesitar nuestro cálculo para que entre perféctamente (ver informe sobre rendimiento).

Es necesario formatear la base de datos en fragmentos y asignar un fragmento a cada core (cpu). Recomendamos usar las bases de datos instaladas por los técnicos. Para fomatear las bases de datos nr en 6 trozos por ejemplo, está el comando:

/software/bin/mpiformatdb -N 6 -i nr -o T

El número de cores a solicitar para el cálculo con mpiBLAST a de ser igual al número de fragmentos de la base de datos más dos, en este caso solicitaríamos 8 cores.

mpiBLAST escala muy bien. Hemos realizado unos test y benchmark que nos puede servir para predecir el uso de memoria y cpu de los cálculos, que hemos plasmado en el  informe sobre el rendimiento de mpiBLAST.

 

Rendimiento

Para preparar los cálculos puede ser muy instructivo el informe sobre rendimiento de mpiBLAST. También hemos comparado mpiBLAST con el BLAST normal de NCBI y gpuBLAST. Se pueden encontrar los resultados en el blog del Servicio.

Más información

Para más información página web de mpiBLAST. Aquí se pueden encontrar manuales y tutoriales.

También está instaldado [intlink id=»1493″ type=»post»]Blast2GO[/intlink].

Informe sobre el rendimiento de mpiBLAST.

BEAST

Genética, Software de Cálculo

Información General

BEAST 1.8.2 is a cross-platform program for Bayesian MCMC analysis of molecular sequences. It is entirely orientated towards rooted, time-measured phylogenies inferred using strict or relaxed molecular clock models. It can be used as a method of reconstructing phylogenies but is also a framework for testing evolutionary hypotheses without conditioning on a single tree topology. BEAST uses MCMC to average over tree space, so that each tree is weighted proportional to its posterior probability.

Cómo usar Beast

Para ejecutar el fichero de entrada input.xml en BEAST usar:

/software/bin/beast input.xml > output.log

Otros programas de BEAST instalados

beast, beauti, loganalyser, logcombiner eta treeannotator.

Benchmark

Presentamos los resultados de un pequeño benchmark realizado en las máquinas del servicio para analizar el rendimiento de beast. Como vemos paraleliza muy bien hasta 8 cores. Para cálculos muy largos puede que usar 16 cores merezca la pena pues aun hay una reducción significativa pero la eficacia en el uso de los procesadores ya cae de forma importante.

Cores Tiempo (s)
 Eficiencia (%)
1 12692 100
4 3573 89
8 1889 84
16 1200 66
20 1149 55

Más información

Página web de BEAST con tutoriales y documentación.

Coin-or

Software de Cálculo

Información general

1.7.5 version. The Computational Infrastructure for Operations Research (COIN-OR**, or simply COIN) project is an initiative to spur the development of open-source software for the operations research community. Se ha compilado incluyendo [intlink id=»5232″ type=»post»]CPLEX[/intlink].

Cómo usar

Los ejecutables blis, cbc, clp, OSSolverService y symphony se encuentran instalados en /software/bin/CoinAll. Para usar, por ejemplo clp ejecutar en los scripts de torque:

/software/bin/CoinAll/clp

Más información

Coin-or home page.

GAP

Software de Cálculo

Versión 4.4 del lenguaje matemático para álgebra discreta con numerosas librerías de funciones y tablas.

GAP es unas 2.5 veces más lento en itanium que en opteron o core2duo. Os recomendamos Maiz o Péndulo para ejecutar GAP en interactivo.

Se puede ejecutar directamente gap en la línea de comandos. Por defecto se crea un espacio de trabajo (workspace) de 512 MB. En los scripts del sistema de colas si es necesario incrementar la memoria que usa GAP ejecutarlo con la opción -m, por ejemplo:

/software/bin/gap -m 900m < input-file > output-file

donde input-file es el fichero con las órdenes para GAP, en output-file se guarda la salida de pantalla y se está creando un workspace de 900 MB para GAP.

Más información y documentación en GAP home page.

HTK

Software de Cálculo

Versión 3.4.1 del conjunto de programas para trabajar modelos ocultos de Markov. Es principalmente usado en investigación sobre el reconocimiento del habla.

Sólamente está instalado en Péndulo y los nodos Opteron.

Para ejecutar alguna de sus programas emplear por ejemplo:

/software/bin/HDecode

Para más información Página web de HTK.

Matplotlib

Maths, Software de Cálculo

Información general

Librerías para cálculo matemático con Python. Se han instalado también las librerías numphy y el intérprete ipython.

Se ha requerido recompilar python, se deben usar ejecutando

/software/bin/python


/software/bin/ipython


Más información


Página web de Matplotlib.


Página web de Numpy.


Página web de ipython.

Grace

Maths, Software de Cálculo

Información general

Está instalada la versión 5.1.19. Grace es un herramienta WYSIWYG (What you see is what you get, es decir, Lo que Ves es lo que Consigues) para hacer gráficos en dos dimensiones de datos numéricos.

Para ejecutarlo hay que utilizar el comando:

xmgrace

Más información

Más información y documentación en la página web de Grace.

P4VASP

Software de Cálculo, Visualización

Información general

P4vasp es un paquete para visualizar estructuras y densidades electrónicas,…de cálculos de VASP.

Como usar

Los usuarios deberán cerciorarse el poder ejecutar una aplicación gráfica de los servidores del Servicio en sus ordenadores personales. Esto se explica [intlink id=»48″ type=»post»]en la guía de acceso[/intlink] al servicio.

Para su ejecución, simplemente ejecutar

p4v

Más información

P4Vasp home page.

Molden

Software de Cálculo, Visualización

Información general

Molden es un paquete para visualizar estructuras y densidades electrónicas, que lee los formatos de los siguientes programas Ab-Initio: GAMESS-UK , GAMESS-US, GAUSSIAN,… desarrollado en la Radboud University Nijmegen. La versión disponible es la 4.4.

Como usar

Los usuarios deberán cerciorarse el poder ejecutar una aplicación gráfica de los servidores del Servicio en sus ordenadores personales. Esto se explica [intlink id=»48″ type=»post»]en la guía de acceso[/intlink] al servicio.

Para usar Molden ejecutar en la terminal

molden

Más información

Molden Homepage y manual en línea.

XMakemol

Software de Cálculo, Visualización

Información general

Xmakemol es un paquete para visualizar estructuras atómicas. La versión disponible es la 5.14.

Como usar

Los usuarios deberán cerciorarse el poder ejecutar una aplicación gráfica de los servidores del Servicio en sus ordenadores personales. Esto se explica [intlink id=»48″ type=»post»]en la guía de acceso[/intlink] al servicio.

Para su ejecución, simplemente usar

xmakemol

Más información

XMakemol Homepage.

Manual en línea.

NX – Server

Software de Cálculo, Visualización

Información general

NX es un servidor de terminal o conexión gráfica remota. Sirve para desde nuestro PC o PDA poder ver las aplicaciones gráficas ejecutadas en Maiz, Guinness, Péndulo,…. Tiene la ventaja de comprimir el tráfico, cachear información,…lo cual reduce las comunicaciones y lo hace muy adecuado para conectarse desde casa. Es válido para Windows, linux, Mac,….

Como se usa

Es necesario instalar el cliente en nuestro PC y ejecutarlo para conectarse a los servidores de cálculo. Este documento es una guía para instalar y configurar el cliente NX para conectarse a las máquinas del Servicio.

Más información

Página web para descargar el cliente  NX.