Archivo mensual: septiembre 2010

Siesta

Información general Spanish Initiative for Electronic Simulation with Thousands Atoms. Programa de cálculo ab-initio de DFT para sólidos y moléculas. Permite realizar relajaciones y simulaciones de dinámica molecular. Usa orbitales localizados y permite calcular con un gran número de átomos. Se distribuye gratuitamente, pero se … Sigue leyendo

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NBO 5

NBO5 versión 5 del Natural Bond Orbital. Download article as PDF

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MACROMODEL

Macromodel es un paquete de Schrodinger Download article as PDF

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DL_POLY

Información general Versión 4.02 del completo programa de dinámica molecular para macromoléculas, polímeros, sistema iónicos, disoluciones y otros sistemas moleculares desarrollado en el Laboratorio Daresbury. Se ha instalado la versión 4.02 (2.2 en Pendulo). Existe también DL_POLY_CLASSIC que por el … Sigue leyendo

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NAMD

La versión instalada es la 2.8 Programa con potenciales empíricos que incluye dinámica molecular, minimización de energía y Monte Carlo, desarrollado en la Universidad de Illinois. Especialmente orientado a la simulación de sistemas biológicos. El software se encuentra instalado tento … Sigue leyendo

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GROMACS

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AMBER

Información general Versión 14 de AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement) junto con amber tools15. Programa con potenciales empíricos que incluye dinámica molecular, minimización de energía. Especialmente orientado a la simulación de sistemas biológicos. Cómo usar Están compilados las versiones en serie y … Sigue leyendo

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Casino

Versión 2.4 (v213 realised on 20/7/2009) de Casino, programa de Quantum Monte Carlo desarrollado en la Universidad de Cambridge. Download article as PDF

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MIKA

Multigrid Instead of K-spAce. Versión .81 del paquete de programas de cálculo DFT en el espacio real, tanto para sistemas periódicos, como finitos, desarrollado por el CSC y la Universidad Tecnológica de Helsinki (HUT). Información general Incluye un paquete que resuelve las ecuaciones de Kohn-Sham … Sigue leyendo

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WRF

The Weather Research and Forecasting (WRF) Model (version 3.1) is a next-generation mesocale numerical weather prediction system designed to serve both operational forecasting and atmospheric research needs. Download article as PDF

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NCL – NCAR

Información General The NCAR Command Language (NCL), a product of the Computational & Information Systems Laboratory at the National Center for Atmospheric Research (NCAR), is a free interpreted language designed specifically for scientific data analysis and visualization. NCL has robust file input … Sigue leyendo

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Arina Clusterra

Configuración La configuración física de Arina y Maiz se detalla en . Arina consta de dos servidores, arina (itanium2) y maiz (opteron), a donde se conectan los usuarios desde el exterior. El servidor esta conectado a los nodos a traves de … Sigue leyendo

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BigDFT

Información general Versión 1.5.1 del del programa de cálculo de estructura electrónica ab-initio de DFT masivamente paralelo usando una base de wavelets en el espacio real. Download article as PDF

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Yambo

3.2.2 version of the program for Many-Body calculations in solid state and molecular physics. Download article as PDF

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WIEN2k

Versión 2k_14.2 del programa de cálculo ab-initio basado en full-potential (linearized) augmented plane-wave ((L)APW) + local orbitals (lo) method, desarrollado en la Universidad Tecnológica de Viena. Download article as PDF

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ADF

Información general Amsterdam Density Functional (2016.01) The ADF package is software for first-principles electronic structure calculations. ADF is used by academic and industrial researchers in such diverse fields as pharmacochemistry and materials science. It is particularly popular in the research areas of … Sigue leyendo

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OOMMF

Información general Versión 1.2 del programa para realizar simulaciones micromagnéticas. No está compilado con la versión paralela de tcl. Cómo usar Ejecutando oommf.tcl nos aparece la interfaz gráfica. Para poder preparar y analizar los cálculos. Para mandar cálculos a las … Sigue leyendo

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GAMESS-US 12 JAN 2009 (R1)

Información general Gamess es un paquete de química computacional con varios métodos para calcular propiedades de sistemas moleculares, usando descripciones mecánico-cuánticas estándar para las funciones de onda o la densidad electrónica. La versión 12 JAN 2009 (R1) se encuentra instalada … Sigue leyendo

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Dirac 08

 Información general La versión que se encuentra instalada en el cluster es DIRAC08. Dirac es un paquete de química computacional con varios métodos para calcular propidedades de sistemas moleculares usando mecánica-cuántica relativista. Como ejecutar Para ejecutar dirac hay que … Sigue leyendo

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Blast2GO

Información general Blast2GO is an ALL in ONE tool for functional annotation of (novel) sequences and the analysis of annotation data. Está instalada la versión 2.5. Cómo usar Blast2GO Si se ejecuta en Maiz, Péndulo o Guinness blast2go se ejecuta … Sigue leyendo

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mpiBLAST

Información general mpiBlAST es una versión paralela de blast que permite su ejecución paralela en muchos nodos. Está instalada la versión 1.6.0. Compara secuencias de nucleótidos o proteínas con bases de datos y para estudiar relaciones funcionales y evolutivas así … Sigue leyendo

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BEAST

Información General BEAST 1.8.2 is a cross-platform program for Bayesian MCMC analysis of molecular sequences. It is entirely orientated towards rooted, time-measured phylogenies inferred using strict or relaxed molecular clock models. It can be used as a method of reconstructing … Sigue leyendo

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StarCD

StarCD es un programa de Dinámica de Fluídos. Existen dos variantes del programa las dos disponibles en Arina, StarCD y StarCCM+. Download article as PDF

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Coin-or

Información general 1.7.5 version. The Computational Infrastructure for Operations Research (COIN-OR**, or simply COIN) project is an initiative to spur the development of open-source software for the operations research community. Se ha compilado incluyendo . Cómo usar Los ejecutables blis, … Sigue leyendo

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GAP

Versión 4.4 del lenguaje matemático para álgebra discreta con numerosas librerías de funciones y tablas. GAP es unas 2.5 veces más lento en itanium que en opteron o core2duo. Os recomendamos Maiz o Péndulo para ejecutar GAP en interactivo. Se … Sigue leyendo

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HTK

Versión 3.4.1 del conjunto de programas para trabajar modelos ocultos de Markov. Es principalmente usado en investigación sobre el reconocimiento del habla. Sólamente está instalado en Péndulo y los nodos Opteron. Para ejecutar alguna de sus programas emplear por ejemplo: … Sigue leyendo

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Matplotlib

Información general Librerías para cálculo matemático con Python. Se han instalado también las librerías numphy y el intérprete ipython. Se ha requerido recompilar python, se deben usar ejecutando /software/bin/python /software/bin/ipython Más información Página web de Matplotlib. Página web de Numpy. Página web de ipython. Download … Sigue leyendo

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Grace

Información general Está instalada la versión 5.1.19. Grace es un herramienta WYSIWYG (What you see is what you get, es decir, Lo que Ves es lo que Consigues) para hacer gráficos en dos dimensiones de datos numéricos. Para ejecutarlo hay que … Sigue leyendo

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P4VASP

Información general P4vasp es un paquete para visualizar estructuras y densidades electrónicas,…de cálculos de VASP. Como usar Los usuarios deberán cerciorarse el poder ejecutar una aplicación gráfica de los servidores del Servicio en sus ordenadores personales. Esto se explica  al … Sigue leyendo

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Molden

Información general Molden es un paquete para visualizar estructuras y densidades electrónicas, que lee los formatos de los siguientes programas Ab-Initio: GAMESS-UK , GAMESS-US, GAUSSIAN,… desarrollado en la Radboud University Nijmegen. La versión disponible es la 4.4. Como usar Los usuarios … Sigue leyendo

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XMakemol

Información general Xmakemol es un paquete para visualizar estructuras atómicas. La versión disponible es la 5.14. Como usar Los usuarios deberán cerciorarse el poder ejecutar una aplicación gráfica de los servidores del Servicio en sus ordenadores personales. Esto se explica  … Sigue leyendo

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NX – Server

Información general NX es un servidor de terminal o conexión gráfica remota. Sirve para desde nuestro PC o PDA poder ver las aplicaciones gráficas ejecutadas en Maiz, Guinness, Péndulo,…. Tiene la ventaja de comprimir el tráfico, cachear información,…lo cual reduce … Sigue leyendo

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