Pautas para una correcta toma, transporte y procesamiento de muestras clínicas. Análisis microbiológicos y parasitológicos más importantes en el diagnóstico de las enfermedades infecciosas (virus, bacterias, hongos, protozoos, helmintos y ectoparásitos. Seguridad y control de calidad en el laboratorio de microbiología y parasitología clínica

1. OBJETO Y CONTEXTO ACTUAL DE LA MICROBIOLOGÍA CLÍNICA: ¿Donde y cómo

desempeña esta función el Profesional de Farmacia?. Su papel en el laboratorio. Las relaciones

que debe establecer con los miembros del equipo encargado del diagnóstico y tratamiento de los

pacientes con enfermedades infecciosas; así como, en el control de las mismas.

2. ESTABLECIMIENTO DE LA ENFERMEDAD INFECCIOSA: Infección versus Enfermedad

Infecciosa. Relación entre el humano y los microorganismos: Encuentro. (Descripción de la Flora

Colonizadora en las diferentes áreas del cuerpo e importancia de esta flora). Entrada.

Diseminación-Multiplicación. Producción de daño. Desenlace.

3. METODOLOGÍA GENERAL EN EL LABORATORIO DE MICROBIOLOGÍA CLÍNICA: En este

apartado el alumno dará un breve repaso a los métodos tradicionales para la identificación de los

microorganismos, aí como, a las técnicas mas modernas aplicadas en el laboratorio de

Microbiología Clínica.

3.1. MÉTODOS GENERALES DE DIAGNOSTICO DE MICROORGANISMOS PATÓGENOS:

3.1.1. BACTERIAS Y HONGOS. aislamiento, observación, cultivo e identificación.

3.1.2. VIRUS: Visualización (Del virus o sus efectos), cultivos celulares, pruebas de detección,

pruebas serológicas.

3.2. MÉTODOS ACTUALES DE DIAGNOSTICO DE MICROORGANISMOS PATÓGENOS:

Métodos Inmunodiagnósticos, Cromatografía y Métodos Moleculares de uso en Microbiología

Clínica. Métodos Rápidos Mecanizados / Automatizados para el diagnóstico en Microbiología

Clínica. Uso de los computadores en Microbiología.

4. EL CONTROL DE LOS MICROORGANISMOS: AGENTES ANTIMICROBIANOS Y PRUEBAS

DE SUSCEPTIBILIDAD: El Antibiograma: Técnicas de difusión y dilución. Pruebas para la

búsqueda de antimicrobianos en diferentes líquidos corporales. Pruebas de susceptibilidad con

agentes Antifúngicos, Antivirales.

5. SEGURIDAD Y CONTROL DE CALIDAD EN EL LABORATORIO DE MICROBIOLOGÍA.

Categorías de riesgo del trabajo con diferentes microorganismos. Instrucciones para trabajar con

material infeccioso guardando las normas de seguridad del personal. Laboratorios con

instalaciones especiales y Campanas de seguridad. Definición de calidad. Calidad y Costo.

Indicadores de calidad.

6. RECOGIDA, TRANSPORTE Y PROCESAMIENTO DE MUESTRAS CLÍNICAS.

En este apartado se recoge todo el proceso de diagnostico microbiologico de laboratorio desde la

recogida de una muestra en el paciente aquejado de una enfermedad infecciosa hasta el

momento de comenzar la identificación del microorganismo aislado. Se estudian preferentemente

los microorganismos mas frecuentemente aislados en nuestro medio.

6.1. MUESTRA CLÍNICAS ESTÉRILES: Sangre, Líquido cefalorraquideo, Liquidos pleural,

peritoneal, pericárdico y sinovial.

6.2. MUESTRA CLÍNICAS DE: Aparato respiratorio: Frotis nasofaríngeo, Frotis faríngeo, Esputo,

Aspirado transtraqueal, Lavado bronquial. Muestras de oido. Muestras de ojo: Hisopados y

raspados conjuntivales y corneales.

Aparato Génito-Urinario: Orina, Exudado Uretral, Exudado Vaginal. Aparato Digestivo: Heces,

otras muestras.

6.3. OTRAS MUESTRAS CLÍNICAS : Heridas, Abscesos, Tejidos, Aspirados, y Drenajes.

Muestras de necropsia. Muestras dérmicas. Miscélanea: Cultivo de Cateteres. Interés de los

cultivos cuantitativos en la diferenciación entre colonización e infección.

7. IDENTIFICACIÓN DE MICROORGANISMOS PATÓGENOS. BACTERIAS.

El alumno deberá conocer la forma de identificar los microorganismos previamente aislados. En esta sección se estudian las pruebas necesarias para conseguirlo, bien para un microorganismo

aislado, bien para todo un grupo.

7. 1. BACTERIAS AEROBIAS Y ANAEROBIAS FACULTATIVAS-I.

7.1.1. Cocos Gram positivos I: Staphylococcus,

7.1.2.Cocos Gram positivos II: Streptococcus, Enterococcus, y otros cocos gram positivo

catalasa negativos

7.1.3.Cocos Gram negativo: Neisseria y Branhamella.(Moraxella)

7.2. BACTERIAS AEROBIAS Y ANAEROBIAS FACULTATIVAS ¿II:

7.2.1. Bacilos Gram positivo aerobios: Corynebacterium y otros microorganismos semejantes.

Listeria, Erysipelothrix, Baccilus, Lactobacillus, Actinomycetes: Nocardia, y otros.

7.2.2. Bacilos Gram negativo: Enterobacteriaceae.

7.3. BACTERIAS AEROBIAS Y ANAEROBIAS FACULTATIVAS-III:

7.3.1. Bacilos Gram negativo curvados y oxidasa positivo, fermentadores: Vibrio,

Aeromonas, Plesiomonas, Campylobacter, Helicobacter.

7.3.2. Bacilos gram negativo no fermentadores: Pseudomonas. Alcaligenes, Flavobacterium,

Acinetobacter, Miscelánea de bacterias Gram negativo no fermentadoras.

7.4. BACTERIAS AEROBIAS Y ANAEROBIAS FACULTATIVAS ¿IV. Bacilos Gram negativo

que requieren cultivos especiales: Legionella, Francisella, Brucella, Haemophilus, Bordetella.

Gardnerella, Streptobacillus, Spirillun, Calymmatobacterium. Pasteurella, Capnocytophaga, los

HACEK. Mycoplasmas y Ureaplasmas.

7.5. BACTERIAS AEROBIAS. Mycobacterium.

7.6. BACTERIAS ANAEROBIAS ESTRICTAS: Bacilos Gram positivo formadores de esporas:

Clostridium. Bacilos Gram positivo no formadores de esporas: Propionibacterium,

Eubacterium, Actinomyces. Bacilos Gram negativo no formadores de esporas: Bacteroides,

Fusobacterium. Cocos anaerobios

7.7. INFECCIONES POR ESPIROQUETAS: Leptospira, Borrelia, Treponema.

7.8. RICKETTSIAS Y CLAMYDIAS: Rickettssiae, Chlamydiae, Ehrlichiae

8. IDENTIFICACIÓN DE MICROORGANISMOS PATÓGENOS: HONGOS

8.1. HONGOS DE IMPORTANCIA MEDICA -I: Dermatofitos y agentes de las micosis

superficiales: Epidermophyton, Microsporum, Tricophyton, Malassezia furfur, Cladosporium,

Piedraia hortae, Trichosporom beigelii.

8.2. HONGOS DE IMPORTANCIA MEDICA ¿II: Levaduras de importancia médica. Candida,

Cryptococcus, Rhodotorula, Saccharomyces, Geotrichum, y otras.

8.3. HONGOS DE IMPORTANCIA MEDICA ¿ III: Hongos dimórficos causantes de micosis

sistémicas: Histoplasma, Blastomyces, Coccidioides, Paracoccidioides. Hongos Dematiaceus.

Hyfomicetos oportunistas: Aspergillus, Fusarium, Penicillium y otros. Agentes de Zygomicosis:

Absidia, Mucor, Rhizopus y otros. Hongos causantes de micetomas. Pneumocystis.

9. IDENTIFICACIÓN DE MICROORGANISMOS PATOGENOS VIRUS

9.1. IDENTIFICACIÓN DE VIRUS ¿ I: Virus de la Hepatitis: Hepatitis B, Hepatitis A, Hepatitis C,

Agente Delta, Hepatitis E. Otros virus que pueden causar hepatitis.

9.2. IDENTIFICACIÓN DE VIRUS ¿ II: Virus de la Inmunodeficiencia Humana y otros Retrovirus

humanos.

9.3. IDENTIFICACIÓN DE VIRUS ¿ III: Herpesviridae: Herpes Simple, Citomegalovirus, Virus de

Epstein-Barr, Varicela-Zoster, Herpes Virus 6,7,8.

9.4. IDENTIFICACIÓN DE VIRUS ¿ IV: Orthomyxoviridae (Virus Influenza A, B, C).

Paramyxoviridae (Parainfluenza, Virus Respiratorio Sincitial, Virus del Sarampión. Virus de la

Parotiditis). Virus de la Rubeola. Parvovirus humanos.

9.5. IDENTIFICACIÓN DE VIRUS ¿V: Enterovirus (Virus de la Polio, Coxsackie, ECHO, otros).

Virus causantes de Enfermedad de vías respiratorias, Virus causantes de Gasrtroenteritis.

(Rhinovirus. Coronavirus. Adenovirus. Calicivirus, Rotavirus, Astrovirus, Norwalk.

9.6. IDENTIFICACIÓN DE VIRUS- VI: Papillomavirus. Polyomavirus. Poxviridae: Virus de la

Viruela, Virus de la Vacuna, Virus Orf, Virus Molluscum contagiosum. Virus de la Rabia.

Arbovirus: (Togaviridae, Flaviviridae, Bunyaviridae, Rhabdoviridae, Reoviridae). Filoviridae.

Arenaviridae. Agentes de las Encefalopatias espongiformes.

10. INTRODUCCIÓN. Parasitismo y parasitosis. La enfermedad parasitaria y sus características. Importancia de los ciclos biológicos de los parásitos en relación con el diagnóstico. Métodos de diagnóstico directos e indirectos. Características y limitaciones de los mismos. Interpretación de los resultados en relación con el enfermo. El informe de laboratorio. Criterios deontológicos.

11. EL DIAGNÓSTICO PARASITOLÓGICO DE LAS ENTEROPARASITOSIS. El examen coproparasitario: objetivos, aplicación, número, límites y ventajas. Preparación del paciente. Recolección de las heces y productos asociados. Conservación y envío de las muestras. Tiempo entre recolección y análisis. Identificación. El examen macroscópico: importancia del mismo. El examen microscópico: el examen directo en fresco y después de métodos de concentración. Aplicaciones y ventajas de los métodos de concentración. Principales métodos de tinción de protozoarios. Métodos especiales de tinción de coccidias. Repaso de las principales enteroparasitosis a tener en cuenta y características especiales de ciertos casos.

12. MÉTODOS ESPECIALES DE DIAGNÓSTICO DE ALGUNAS ENTEROPARASITOSIS. Diagnóstico de la enterobiosis: características del ciclo biológico que condicionan su diagnóstico. Análisis parasitológico del material obtenido por rectosigmoidoscopia y sondaje duodenal; sus ventajas en algunos casos. El coprocultivo para larvas de nematodos, principios y aplicaciones.

13. MÉTODOS DE DIAGNÓSTICO PARASITOLÓGICO DE PARASITOSIS GÉNITOURINARIAS. Principales parasitosis relacionadas. Diagnóstico de la tricomoniosis urogenital en el hombre y la mujer. Interpretación de los resultados. El análisis parasitológico de la orina: sus aplicaciones.

14. DIAGNÓSTICO PARASITOLÓGICO DE LAS HEMOPARASITOSIS. Principales hemoparasitosis. El examen parasitológico de la sangre. Sus características y ventajas en la malaria y tripanosomosis. Principales tinciones. El xenodiagnóstico. Diagnóstico de las filariosis mediante investigación de microfilarias en sangre y en piel. Diagnóstico de la leishmaniosis visceral: biopsias ganglionares, medulares y hepáticas. Su valor relativo y su empleo práctico. Examen directo y cultivo de las muestras.

15. DIAGNÓSTICO PARASITOLÓGICO DE LA PARASITOSIS TISULARES. Principales parasitosis tisulares: la aplicación de métodos parasitológicos a las mismas; dificultades, limitaciones y ventajas. Obtención de muestras de lesiones cutáneas producidas por protozoarios. Parasitosis pulmonares: obtención y procesamiento de esputos y aspirados bronquiales. La biopsia pulmonar, su valor. El estudio parasitológico del líquido cefalorraquídeo. Las biopsias tisulares: ventajas e inconvenientes. La histopatología en las enfermedades parasitarias

16. DIAGNÓSTICO DE LA ECTOPARASITOSIS. Principales ectoparasitosis por ácaros e insectos. Diagnóstico de la sarna. y otras ácaros de la piel. Diagnóstico de la pediculosis y phthiriosis. Diagnóstico de las principales miasis que afectan al hombre.

17. EL DIAGNÓSTICO INMUNOLÓGICO DE LAS PARASITOSIS. I. Complejidad de la estructura antigénica de los parásitos: concepto de mosaico antigénico. Los antígenos parasitarios. Formas de presentación y utilización de los antígenos para el diagnóstico serológico: antígenos solubles y antígenos particulados. Principales reacciones antígeno-anticuerpo in vitro aplicadas al diagnóstico parasitario. Detección de anticuerpos y de antígenos. Ventajas e inconvenientes. Conceptos de sensibilidad y especificidad serológica. Aplicación en casos clínicos y en estudios epidemiológicos. Interpretación de los resultados en función de la evolución de la enfermedad. Importancia del seguimiento serológico. La identificación inmunológica de parásitos: aplicación en algunas enteroparasitosis.

18. EL DIAGNÓSTICO INMUNOLÓGICO DE LAS PARASITOSIS. II. Aplicación de los métodos serológicos al diagnóstico de las principales hemo e histoparasitosis por protozoos.

19. EL DIAGNÓSTICO INMUNOLÓGICO DE LAS PARASITOSIS. III. Aplicación de los métodos serológicos al diagnóstico de las principales helmintosis. Diferencias entre helmintosis intestinales e hísticas.

Recomendaciones: para el correcto seguimiento de esta asignatura, es recomendable que el alumnado haya cursado y aprobado las asignaturas de Microbiología y Parasitología General y Microbiología y Parasitología Descriptiva, así como que posea conocimientos adecuados sobre Inmunología, Anatomía humana y Fisiología humana. Del mismo modo, para la comprensión de textos científicos, es recomendable poseer conocimientos de inglés

EVALUACIÓN.

La asignatura consta de dos partes diferenciadas, Microbiología Clínica y Parasitología Clínica.

La evaluación de la asignatura se realizará mediante test y presentación del análisis y desarrollo diagnóstico de un caso clínico.

El test será el 80% de la nota final y el trabajo el 20%.

Se realizará un examen parcial al término de la impartición de las clases teórico-prácticas de Microbiología Clínica, que libera dicha materia.

El examen final constará de dos partes, correspondientes a cada una de las materias impartidas (Microbiología Clínica y Parasitología Clínica) que deberán de superarse por separado. Cada parte se evaluará mediante test múltiple elección con cuatro respuestas posibles por pregunta. Dicha evaluación no contemplará puntos negativos.

La superación del test conllevará la correcta contestación del 70% de las preguntas.

BATA Y ROTULADOR INDELEBLE PARA PRÁCTICAS

Basic bibliography

- G. Prats, 2006. Ed Panamericana

- Diagnóstico Microbiológico. Texto y Atlas en color. E.W. Koneman, S.D. Allen, W.M. Janda,

- P.C. Schreckenberger, W.C. Winn. 2000. Ed Panamericana

- Atías A, Neghme A. 2a. Edición. Publicaciones Técnicas Mediterráneo, Santiago, 1984.

- Parasitología Médica. Markell EK, Voge M, John DT. 6ª edición. McGraw-Hill-Interamericana, 1990

In-depth bibliography

- Texbook of Diagnostic Microbiology, C.R. Mahon and G. Manuselis Jr. Eds. W.B. Saunders.Company. - Manual of Clinical Microbiology. P.C. Murray Editor in Chief. 8ª Ed. 2003. American Society of Microbiology. - Cumulative Techniques and Procedures in Clinical Microbiology. (Diferentes temas, autores, y fechas) American Society of Microbiology - Diagnostic Medical Parasitology. García LS 4th edition. AMS Press, Washington D.C., 2001. - Les nouvelles techniques en Parasitologie et Immunoparasitologie. Golvan YJ, Ambroise-Thomas P. Flammarion, París. 1990 - Medical Parasitology. Markell EK, John DT, W. Krotoski. 8th edition. W.B. Saunders, 1999. - Parasitología Médica. Leger M, Notteghem MJ, Pesson B, Gijón-Botella H. Guía Práctica. Motril. 1996