El proyecto de investigación del Centro de Documentación e Investigación desarrolla tres líneas principales de investigación:
1. El Concierto Económico y el sistema fiscal vasco: Concierto Económico; Convenio Económico; Haciendas Forales; sistema fiscal vasco; política fiscal y presupuestaria del sector público vasco.
2. Descentralización fiscal y fiscalidad comparada: Teoría del federalismo fiscal; descentralización fiscal y financiera; el sistema de financiación autónomica en España; la Unión Europea y el proceso de integración fiscal y económica europea; análisis comparativo de sistemas fiscales.
3. Las instituciones públicas y el estudio de las élites políticas: Prosopografía o biografía colectiva de los actores: grupos sociales, élites políticas y administradores públicos; análisis y evolución de asambleas representativas, parlamentos e instituciones públicas.