Jose Migel Barandiaran Aierbe nació en Ataun el 31 de diciembre de 1889, en el caserío Perune-Zarre del barrio de San Gregorio. Fue el noveno y último hijo de Francisco Antonio Barandiaran y María Antonia Aierbe.

Realizó sus estudios de sacerdocio en el seminario de Vitoria y se ordenó en 1914. Se licenció en teología en Burgos en 1915.

En 1916 se empezó a interesar por los estudios en Etnografía, exploró algunos dólmenes de Aralar y publicó los resultados en la revista Euskalerriaren alde. En 1917 conoció a Telesforo Aranzadi y Enrique Eguren y dio comienzo una fructífera relación de trabajo que duró 20 años. Aranzadi tuvo una gran influencia al garantizar la corrección científica de los estudios de Barandiaran.

Los tres formaron un grupo de investigación sólido y fructífero: excavaron los dólmenes de la sierra de Aralar (1917), Aizkorri (1918), Ataun-Burunda (1919), Altzania (1920), Entzia (1921), Elosua Plazentzia (1922), Belabieta (1924) o Urbasa (1925) y numerosas cuevas como, Ermittia (1924), Lumentxa (1925), Santimamiñe (1931), Bolinkoba (1933) o Urtiaga (1936).

En septiembre de 1918 formo parte de la primera reunión de Eusko Ikaskuntza que se celebró en Oñati. Bajo el paraguas de la recién formada Eusko Ikaskuntza, Barandiaran creó el laboratorio de Etnología que situó en el seminario de Vitoria. En 1921 fundó la organización Eusko Folklore. El verano de 1922 realizó un viaje estudio por Alemania junto a Aranzadi y visitó los museos de Paris, Colonia, Munich, Leipzig o Berlín. En 1923 tomó parte en un curso impartido por el abate Breuil en Paris. 

En 1926 fue nombrado rector del seminario al mismo tiempo que era vicerrector del Seminario Conciliar. En los próximos veranos siguió trabajando en temas de arqueología y etnografía y realizando viajes (Génova, Berna, Zurich, Viena, Roma, etc.), hasta que al comenzar la Guerra Civil en 1936 tuvo que exiliarse al otro lado de la muga.

Se estableció en Sara, y permaneció trece años, mientras seguía con sus trabajos de arqueología y etnografía. Pudo volver a su pueblo en 1953, estableciendo su casa en Sara Etxea en el barrio de San Gregorio y desde entonces ha participado en multitud de trabajos de investigación. Toda una generación de alumnos se ha formado junto a él.

Al año de su regreso, en 1954, retomó las excavaciones en la cueva de Urtiaga. En 1956 inicia las excavaciones en Lezetxiki (Arrasate), y a partir de 1960 en Aitzbitarte IV (Errenteria), Atxuri (Mañaria), Marizulo (Urnieta), Atxeta (Forua) y Axlor (Dima).

Recibió la medalla de oro de Gipuzkoa y el título de hijo predilecto del territorio el 23 de agosto de 1982. En 1984 fue nombrado hijo predilecto de Ataun. Doctor honoris causa de la Universidad del País Vasco y de la Facultad de Teología de Vitoria, además de presidente de Eusko Ikaskuntza.

Don Jose Migel Barandiaran falleció en Ataun el 21 de diciembre de 1991.