SERVICIO GENERAL DE GENÓMICA -UNIDAD DE EXPRESIÓN GÉNICA

Presentación

Uno de los fenómenos más sorprendentes e increíbles en la biología es la precisión con la que se coordina la correcta expresión de los miles de genes de un organismo: cada gen debe expresarse en el momento y lugar adecuado para una correcta función celular. En términos de conocer la función de los genes, el conocer cuándo, dónde y cómo se expresan es esencial para comprender la actividad y el papel biológico de las proteínas codificadas por estos genes. Además, los cambios en los patrones de expresión génica pueden proporcionar indicios sobre mecanismos reguladores, así como sobre funciones celulares y vías metabólicas. Por otro lado, es esencial el conocimiento de la regulación de la expresión génica y las interacciones génicas que se forman en cada tipo celular para el pleno conocimiento de las causas moleculares de diversas enfermedades complejas como cáncer, enfermedades neurodegenerativas, o de los procesos de envejecimiento. El conocimiento de las causas moleculares de dichas patologías conllevaría el desarrollo de mejores métodos diagnósticos, y de nuevos productos terapéuticos para el tratamiento. La genómica funcional y concretamente la tecnología de microarrays permite la identificación de genes asociados a procesos fisiológicos y patológicos. La información derivada de esta identificación posibilita el desarrollo de nuevos sistemas de investigación precoz y evaluación de la predisposición genética a padecer una enfermedad y en el desarrollo de nuevos fármacos que combatan enfermedades de difícil curación en la actualidad.

El análisis de la expresión génica a gran escala mediante el uso de la tecnología de microarrays de alta densidad de oligonucleótidos o de DNAs complementarios permite abordar problemas biológicos desde una perspectiva global, y ha supuesto una gran revolución en el estudio de la regulación génica normal y patológica en áreas como la biología humana, animal, vegetal y microbiana.

Aunque la aplicación más importante de los microarrays consiste en la monitorización de la expresión génica global, también son empleados para el estudio de la regulación génica mediante el análisis de la unión de proteínas a secuencias promotoras del conjunto de genes del genoma (ChIP-chip microarrays) , y el estudio de la deleción o amplificación de regiones genómicas (aCGH microarrays), un tipo de alteración muy frecuente en cáncer.La unidad de Expresión Génica del Servicio de Genómica y Proteómica de la Universidad del País Vasco, UPV/EHU, se ha establecido con el fin de proporcionar un apoyo integral, tanto experimental como intelectual, a investigadores de la Red Vasca de Ciencia, Tecnología e Innovación, a las bioempresas del entorno, así como a Instituciones Públicas y Privadas en todo el ámbito estatal e internacional, en actividades relacionadas con el estudio de genes y genomas. Para ello dispone de personal cualificado, equipos de última generación y alto rendimiento y de un laboratorio de reciente creación diseñado siguiendo las recomendaciones de las buenas prácticas de laboratorio.

La Unidad de Expresión Génica ofrece los siguientes sistemas de análisis comparativo de expresión génica así como otras aplicaciones:

  • PCR cuantitativa o PCR a tiempo real, con el sistema 7900HT Fast Real Time PCR system de Applied Biosystems: La medición de la expresión génica mediante la PCR a tiempo real o cuantitativa (qPCR) se basa en la detección de la fluorescencia de un fluorocromo reporter, cuya señal aumenta proporcionalmente a la cantidad de producto generado en cada ciclo de PCR. Esta técnica permite unos análisis cuantitativos más precisos y sensibles de los ácidos nucleicos. Para la detección del producto de PCR se emplean dos tipos de química: el colorante fluorescente específico para DNA de doble cadena SYBR Green, o sondas específicas fluorescentes denominadas TaqMan.
  • Plataforma de Microarrays de Agilent Technologies, uno de los sistemas más avanzados de microarrays que proporciona una metodología de alta calidad y muy reproducible. Los microarrays de Agilent están compuestos por oligonucleótidos 60-mer específicos dispuestos sobre una matriz con una alta sensibilidad, lo que permite utilizar bajas cantidades de RNA inicial. En la actualidad Agilent ofrece una serie de microarrays prediseñados para aplicaciones como monitorización de la expresión génica, ChIP-chip o arrays de CGH (aCGH), aunque también permite diseñar microarrays personalizados con las sondas elegidas por el cliente para estudios concretos en el campo que desarrolle su investigación.
  • Análisis de calidad de RNA mediante Agilent 2100 Bioanalyzer.