La responsabilidad docente e investigadora del Centro, recae en los Departamentos, cuyo gobierno corresponde al Director/a y al Consejo de Departamento, del cual forman parte como miembros electos, tanto Profesores/as como Alumnos/as y Personal de Administración y Servicios. El número de miembros del Consejo y las atribuciones, están especificadas en el Reglamento de cada Departamento.

Cada Departamento con personal adscrito a la Facultad de Farmacia, nombra una persona que se responsabiliza de las tareas del Departamento en esta Facultad. Cuando el Departamento tiene su sede en este Centro, el/la profesor/a responsable es el Director/a del Departamento; en caso contrario el propio Departamento nombra a un/a profesor/a para que cumpla estas funciones.

Los departamentos con docencia en esta Facultad son los siguientes:

Biología Celular e Histología
Biología Vegetal y Ecología
Bioquímica y Biología Molecular
Derecho Administrativo, Constitucional y Filosofía del Derecho
Economía Aplicada
Economía Financiera II (Economía y Comercialización de la Empresa) 
Farmacia y Ciencias de los Alimentos
Farmacología
Física
Fisiología
Geografía, Prehistoria y Arqueología
Geología
Ingeniería Eléctrica
Ingeniería Química
Ingeniería Minera y Metalúrgica. Ciencia de los Materiales
Ingeniería Química y del Medio Ambiente
Inmunología, Microbiología y Parasitología
Lengua Vasca y Comunicación
Matemáticas
Medicina
Medicina Preventiva y Salud Pública
Neurociencias
Organización de Empresas
Psicología Social
Química Analítica
Química Física
Química Orgánica e Inorgánica
Química Orgánica I
Sociología y Trabajo Social
Zoología y Biología Celular Animal