El Consejo de Estudiantes de la EHU designa, de entre sus miembros, una Junta Electoral con las funciones previstas en el Reglamento del Estudiantado y en el Régimen de Funcionamiento Interno. Dicha Junta está compuesta por la persona que ostenta la Presidencia y la que ostenta la Secretaría del Consejo de Estudiantes de la EHU, que son miembros natos de la misma, y por una persona representante de cada Campus, elegida por sorteo entre las y los miembros del Consejo de Estudiantes de la EHU pertenecientes a dicho Campus.