SERVICIO GENERAL DE GENÓMICA UNIDAD DE SECUENCIACIÓN Y GENOTIPADO

Equipamiento

La Unidad de Secuenciación y Genotipado de la Universidad del País Vasco, UPV/EHU dispone de técnicos y equipos avanzados en la secuenciación automática y genotipado de marcadores de ADN. Dispone de varias plataformas de genotipado de SNPs que se adaptan a un amplio rango de formatos nº SNP vs nº muestras  lo que permite ajustarse a las necesidades de gran variabilidad de proyectos (desde unas pocas muestras y/o SNPs, hasta cientos simultáneamente).

La unidad cuenta con un laboratorio diseñado siguiendo las recomendaciones de las buenas prácticas de laboratorio. Además, la calidad de Secuenciación y Genotipado queda avalada por sociedades internacionales de análisis genético mediante la participación en diversos ejercicios anuales de control de calidad y homologación de resultados.

Los usuarios de la Unidad de Secuenciación y Genotipado del Servicio de Genómica son investigadores de la Red Vasca de Ciencia, Tecnología e Innovación, así como empresas biotecnológicas e Instituciones públicas y privadas en todo el ámbito estatal y europeo, involucradas en actividades relacionadas con el análisis genético aplicado a la investigación básica, aplicada y/o al diagnóstico clínico.

El equipamiento de alto rendimiento con el que cuenta el laboratorio de Genómica permite la identificación de variaciones del genoma a gran escala mediante la gestión automatizada de las reacciones necesarias para estos procesos analíticos.

A continuación se muestra un listado de los equipos más relevantes:

  • Termocicladores GeneAmp PCR System 9700 y Veriti (Applied Biosystems)
  • Dos robots de dispensación de líquidos Starlet de Hamilton
  • Robot de Extracción de ADN (KingFisher Duo Prime System)..
  • Espectrofotometros (Nanodrop 1000 y 8000) y Fluorimetro (FLx800 y QuBit).
  • Pippin Prep (Sage Science) - DNA Size Selection for NGS.
  • LabChip GX Touch 24 Nucleic Acid Analyzer.
  • Secuenciadores 3130xl, (Applied Biosystems)
  • PCR a tiempo real 7900HT Fast (Applied Biosystems) con robot Zymark cargador de placas acoplado
  • PCR a tiempo real CFX96 (Bio-rad).
  • Plataforma de microarrays de DNA: 2100 Bioanalyzer, horno de hibridación y Agilent G2565BA
  • Microarray Scanner, y robot para impresión de microarrays Spot Blot2 Protein Edition de ArrayIt
  • Plataforma Juno y  BioMark HD System de Fluigdim (ver documento)
  • Secuenciador NGS: MiSeq desktop sequencer (ILLUMINA)
  • Secuenciador NGS: NextSeq desktop sequencer (ILLUMINA)

Los laboratorios de la Unidad de Secuenciación y Genotipado, que comparte con la Unidad de Expresión Génica, son de reciente creación y diseñado siguiendo las recomendaciones de buenas prácticas de laboratorio. Se encuentran distribuidos en las plantas 1 y 2 del Centro de Biotecnología Animal (edificio Maria Goyri), situado en el parque científico de la UPV/EHU (Campus de Leioa).

Todos los procesos son independientes para evitar riesgos de contaminación cruzada. El laboratorio se encuentra distribuido en cuatro espacios separados destinados a: extracción de ADN, procesos de PrePCR, procesos de PostPCR, y habitación de equipos de lectura de resultados y análisis de datos. El conjunto del laboratorio cuenta con cabinas de transición y un sistema de prevención de contaminación por gradiente de presión entre áreas.

 

ALGUNOS DE ESTOS EQUIPOS HAN SIDO CONFINANCIADOS POR EL GOBIERNO VASCO O POR LA UNIÓN EUROPEA A TRAVÉS DEL FONDO EUROPEO DE DESARROLLO REGIONAL

CUANTIFICACIÓN DE ALTA PRECISIÓN


Nanodrop ND-100


FLX800 (Fluorimetro lector de placas)

ANÁLISIS DE CALIDAD DEL RNA y PATRÓN DE MIGRACIÓN DE AMPLIFICADOS Y DIGESTIONES DE DNA

          
Bioanalizador Agilent 2100z

ROBOTS DE DISPENSACIÓN DE LÍQUIDOS STARLET DE HAMILTON

3 unidades (1 extracción de ácidos nucléicos, 1PrePCR, 1 PostPCR)

          

TERMOCICLADORES

  • GeneAMP 9700 APPLIED BIOSYSTEMS: 2 unidades de doble cabezal y 1 unidad de cabezal simple de 96.

          

  • 2 unidades de VERITI APPLIED BIOSYSTEMS: Flexibilidad de programas de PCR modo Standard o Fast y cabezal con 6 bloques de programación de temperatura independientes.

          

  • 3 unidades de SECUENCIADORES AUTOMATICOS ABIPRISM: 310, 3100avant y 3130xl

PCR A TIEMPO REAL 7900HT FAST CON ROBOT ZYMARK

HORNO Y CÁMARA DE HIBRIDACIÓN DE AGILENT

SCANNER de AGILENT G2565BA

SECUENCIADOR NGS: MiSeq DESKTOP SEQUENCER (ILLUMINA)