SERVICIO GENERAL DE GENÓMICA UNIDAD DE SECUENCIACIÓN Y GENOTIPADO

Equipamiento

Los laboratorios de la Unidad de Secuenciación y Genotipado, que comparte con la Unidad de Expresión Génica, son de reciente creación y diseñado siguiendo las recomendaciones de buenas prácticas de laboratorio. Se encuentran distribuidos en las plantas 1 y 2 del Centro de Biotecnología Animal (edificio Maria Goyri), situado en el parque científico de la UPV/EHU (Campus de Leioa).

Todos los procesos son independientes para evitar riesgos de contaminación cruzada. El laboratorio se encuentra distribuido en cuatro espacios separados destinados a: extracción de ADN, procesos de PrePCR, procesos de PostPCR, y habitación de equipos de lectura de resultados y análisis de datos. El conjunto del laboratorio cuenta con cabinas de transición y un sistema de prevención de contaminación por gradiente de presión entre áreas.

La Unidad de Secuenciación y Genotipado de la Universidad del País Vasco, UPV/EHU dispone de técnicos y equipos avanzados en la secuenciación automática y genotipado de marcadores de ADN. Destacan sus plataformas de Secuenciación clásica y de nueva generación (NGS) así como de genotipado de SNPs que se adaptan a un amplio rango de formatos, lo que permite ajustarse a las necesidades de gran variabilidad de proyectos.

ÚLTIMA ADQUISIÓN: Secuenciador masivo NovaSeq 6000 (ILLUMINA) https://www.ehu.eus/es/web/sgiker/-/equipo_mes_febrero_2021

Listado de los equipos más relevantes:

  • Secuenciador NGS: MiSeq desktop sequencer (ILLUMINA)
  • Secuenciador NGS: NextSeq 550 median througput (ILLUMINA)
  • Secuenciador NGS: NovaSeq 6000 ultra-high throughput (ILLUMINA)
  • Analizador genético SeqStudio (THERMOFISHER)
  • Plataforma qPCR de nanofluídica Juno y BioMark HD System (FLUIDIGM)
  • PCR a tiempo real CFX96 – CFX384 (BIO-RAD).
  • PCR a tiempo real 7900HT Fast (Applied Biosystems) con robot Zymark cargador de placas acoplado.
  • Robots de dispensación de líquidos ASSIST PLUS (INTEGRA)
  • Robot de Extracción de ADN KingFisher Duo Prime System (THERMOFISHER).
  • Homogeneizador Precellys 24.
  • M220 Focused-ultrasonicator (COVARIS).
  • Espectrofotometros (Nanodrop 1000 y 8000) y Fluorimetros (FLX800 y QuBit).
  • LabChip GX Touch 24 Nucleic Acid Analyzer (PERKIN ELMER).
  • Pippin Prep (Sage Science) - DNA Size Selection for NGS.
  • Termocicladores GeneAmp PCR System 9700 dual, Veriti y Simply (THERMOFISHER).
  • 3 cabinas de bioseguridad Telstar Bio II Advance.
  • Sistemas de luz UV para descontaminación de ADN.

La unidad cuenta con laboratorios diseñados siguiendo las recomendaciones de las buenas prácticas de laboratorio. Dichos laboratorios se encuentran actualmente en la planta 1 del Centro de Biotecnología Maria Goyri, situado en el parque científico de la UPV/EHU (Campus de Leioa).

Todos los procesos son independientes para evitar riesgos de contaminación cruzada. Las instalaciones están diseñadas de tal como que todos los procesos de extracción de ADN, procesos de PrePCR, procesos de PostPCR, equipos de lectura de resultados y análisis de datos se lleven a cabo en instalaciones físicamente separadas y con equipamiento de uso exclusivo. El conjunto de laboratorios cuenta con cabinas de transición y un sistema de prevención de contaminación por gradiente de presión entre áreas.

 

ALGUNOS DE ESTOS EQUIPOS HAN SIDO CONFINANCIADOS POR EL GOBIERNO VASCO O POR LA UNIÓN EUROPEA A TRAVÉS DEL FONDO EUROPEO DE DESARROLLO REGIONAL

CUANTIFICACIÓN DE ALTA PRECISIÓN


Nanodrop ND-100


FLX800 (Fluorimetro lector de placas)

ANÁLISIS DE CALIDAD DEL RNA y PATRÓN DE MIGRACIÓN DE AMPLIFICADOS Y DIGESTIONES DE DNA

          
Bioanalizador Agilent 2100z

ROBOTS DE DISPENSACIÓN DE LÍQUIDOS STARLET DE HAMILTON

3 unidades (1 extracción de ácidos nucléicos, 1PrePCR, 1 PostPCR)

          

TERMOCICLADORES

  • GeneAMP 9700 APPLIED BIOSYSTEMS: 2 unidades de doble cabezal y 1 unidad de cabezal simple de 96.

          

  • 2 unidades de VERITI APPLIED BIOSYSTEMS: Flexibilidad de programas de PCR modo Standard o Fast y cabezal con 6 bloques de programación de temperatura independientes.

          

  • 3 unidades de SECUENCIADORES AUTOMATICOS ABIPRISM: 310, 3100avant y 3130xl

PCR A TIEMPO REAL 7900HT FAST CON ROBOT ZYMARK

HORNO Y CÁMARA DE HIBRIDACIÓN DE AGILENT

SCANNER de AGILENT G2565BA

SECUENCIADOR NGS: MiSeq DESKTOP SEQUENCER (ILLUMINA)