Desde el 14 de julio de 2020, está traspasada a la Comunidad Autónoma de Euskadi (Departamento de Educación) la gestión de las prestaciones sanitarias del seguro escolar (Decreto 89/2020, de 14 de julio, por el que se aprueba el Acuerdo de la Comisión Mixta de Transferencias Estado-Comunidad Autónoma de 25 de junio de 2020).

La Administración del Estado se ha reservado la recaudación de la aportación del alumnado al seguro escolar que realiza al formalizar la matrícula y que los Centros Docentes deben seguir ingresando en las Direcciones Provinciales de la Tesorería General.