Jakiunde se constituyó el 25 de octubre de 2007 en Donostia / San Sebastián, por iniciativa de Eusko Ikaskuntza/Sociedad de Estudios Vascos, con el apoyo de las Universidades del País Vasco. Jakiunde nace con el propósito de convertirse en un foro de referencia para la sociedad vasca. Pretende ser una institución ejemplar, en su composición y actuación, capaz de servir de guía, por rigor científico y conocimiento, y contribuir con sus acciones y consejos a encontrar soluciones adecuadas a los problemas contemporáneos.

Bajo la presidencia actual del biólogo Juan Ignacio Pérez Iglesias y la presidencia honorífica del físico Pedro Miguel Etxenike, Jakiunde reúne a personalidades de gran prestigio en sus respectivos campos. Los miembros de la Academia están reconocidos públicamente por su labor en diferentes disciplinas de las ciencias puras y aplicadas, la creación artística y el pensamiento crítico, y apuestan por trabajar en común para ofrecer a la sociedad su percepción ante los nuevos retos del futuro. El objetivo de los miembros de la Academia es reflexionar conjuntamente y compartir sus conclusiones con la sociedad.

El director de nanoGUNE, José María Pitarke, es catedrático de Física de la Materia Condensada de la UPV/EHU y presidente de Elhuyar. Ha sido elegido para formar parte de Jakiunde como miembro de número electo junto a otros tres nuevos miembros: Juan José Álvarez, catedrático de Derecho Internacional Privado de la UPV/EHU, Nekane Balluerka, catedrática del Departamento de Psicología Clínica y de la Salud y Metodología de Investigación de la UPV/EHU, y el reconocido compositor Tomás Marco.