La Escuela de Doctorado (DOKe) de la UPV/EHU nació como Escuela de Máster y Doctorado (MDe) y su creación se aprobó el 22 diciembre de 2011 en el Consejo de Gobierno de nuestra Universidad. En el centro se gestionaban todos los programas de Doctorado y todos los másteres oficiales de la UPV/EHU (a excepción de los másteres con atribuciones profesionales)

El primer equipo de dirección lo fue por designación y estaba constituido por Miren Pilare Cajaraville Bereciartua (directora), Iñaki Mondragon Egaña (secretario académico) y Álvaro Arrizabalaga Valbuena (subdirector). El primer Comité de Dirección de la MDe tuvo lugar el 19 septiembre de 2012.

Tristemente, Iñaki Mondragón falleció unos meses después (el 13 de febrero de 2012) y el equipo de dirección incorporó a Arantza Díaz de Ilarraza Sánchez, de manera que quedó constituido como sigue:

• Directora: Miren Pilare Cajaraville Bereciartua
• Secretaria académica: Arantza Díaz de Ilarraza Sánchez
• Subdirector: Álvaro Arrizabalaga Valbuena
• Jefa de administración: Flor López Márquez

El 23 enero de 2013 se publicó en el BOPV el Reglamento Marco de las Escuelas de Doctorado de la UPV/EHU y el 14 marzo de 2013 se celebraron las primeras elecciones a la dirección de la MDe. Hubo una única candidatura y el 26 de abril de 2013 se presentó el nuevo equipo de dirección:

• Directora: Gabriela Chotro Lerda
• Secretaria académica: Miren Karmele Urtiaga Greaves
• Subdirector: José Antonio Sánchez Galíndez
• Jefa de administración: Flor López Márquez

En los primeros años, el PAS que se iba incorporando a la MDe trabajaba desde los centros de grado. El 19 junio de 2013 la MDe estableció su sede central en el Edificio Biblioteca (aula 5) de Leioa (campus de Bizkaia). El 29 enero de 2014 se amplió la secretaría de la MDe en el campus de Gipuzkoa en los Pabellones de Derecho. El 8 septiembre de 2015 se trasladó la sede de la MDe en Gipuzkoa al actual espacio en el Edificio Barriola.

En el curso 2014/15 se pusieron en marcha los 65 programas de doctorado adaptados al RD99/2011. La MDe también gestionaba en ese momento 105 másteres.

En junio de 2016 todo el PAS de Leioa se reubicó en la Sede central, que quedó ampliada con el aula 4 (Jefa de Administración y secretarías), quedando en el aula 5 los despachos de la dirección, sala de reuniones, despachos para el personal técnico, secretaria de dirección y una secretaria administrativa.

En el mandato de Gabriela Chotro se puso inició el Sistema de Garantía Interna de Calidad (SGIC) del centro. El SGIC se diseñó de acuerdo con el programa AUDIT para la acreditación de la calidad de los centros universitarios. En diciembre de 2016, se presentó a UNIBASQ el diseño del AUDIT para la MDe. Cabe destacar que fue el primer centro de posgrado de España en conseguirlo.

El 17 enero de 2017 se fijó la sede de la MDe en Álava, en el Centro Micaela Portilla.

El equipo de dirección se amplió hasta alcanzar la siguiente composición:

• Directora: Gabriela Chotro Lerda
• Secretaria académica: Miren Karmele Urtiaga Greaves
• Subdirector: José Antonio Sánchez Galíndez
• Subdirectora: Miren Itxaso Maguregui Olabarria
• Subdirectora: Arantxa Isla Ruiz
• Jefa de administración: Flor López Márquez

El 14 marzo de 2017 se eligió a la nueva dirección de la Escuela de Máster y Doctorado

• Director: Ignacio Armentia Vizuete
• Secretaria académica: Gotzone Barandika Argoitia
• Subdirectora: Eva Portillo Pérez
• Subdirector: Kepa Ruiz Mirazo
• Subdirectora: Edurne Simón Magro
• Jefa de administración: Flor López Márquez

El 27 abril de 2018 tras la dimisión de Kepa Ruiz Mirazo, Olatz González Abrisketa se responsabilizó de la subdirección de formación.

El 17 mayo de 2018 en el Comité de Dirección se informó de que en enero del 2019 los másteres oficiales gestionados en la MDe iban a pasar a estar adscritos a los centros de grado (salvo los másteres de la Red Latinoamericana de Posgrado).

Antes de la transformación de la MDe en la Doke, el centro llegó a contar con 35 personas del PAS, distribuidas como sigue:

Además de en las sedes de los campus, la MDe contaba con personal en la Escuela de Ingeniería de Bilbao, en la Facultad de Economía y Empresa (Sarriko) y en el PIE de Plentzia.

El 31 enero de 2019 el Consejo de Gobierno aprobó el Reglamento Marco de las Escuelas de Doctorado, que sustituye al de 23 de enero de 2013. En este reglamento se fija que en la UPV/EHU sólo puede haber una escuela de doctorado (con el mismo nombre) y que en la misma, además de los programas de doctorado, sólo se gestionan los másteres de Red Latinoamericana de Posgrado.

Durante los años 2018 y 2019, se trabajó intensamente para que la gestión de los 110 másteres que estaban adscritos a la MDe fuera transferida a los centros de docencia de grado.

El 3 abril de 2019 se aprobó el Reglamento Interno de la Escuela de Doctorado y se convocaron elecciones a la dirección. En la misma sesión tuvo lugar la última reunión del Consejo de Permanente de la MDe.

El 1 octubre de 2019 se constituyó el Comité de Dirección de la nueva Escuela de Doctorado (DOKe) y se celebraron elecciones a la dirección y al Consejo Permanente. Formalmente, el centro sólo cambio de nombre.

El primer equipo de dirección de la DOKe es el siguiente:

• Directora: Gotzone Barandika Argoitia
• Secretaria académica: Eva Portillo Pérez
• Subdirectora: Inmaculada Astorquiza Icazuriaga
• Subdirectora: Olatz González Abrisqueta
• Subdirectora: Edurne Simón Magro

El 18 octubre de 2019 se constituyó el primer Consejo Permanente de la DOKe y las comisiones del centro:

• Reglamentarias: calidad y la de resolución de conflictos.
• No reglamentarias: convalidaciones y la de internacionalización.
• La comisión electoral y el Consejo de Estudiantes de la Escuela.

Por otra parte, 23 de las 35 personas del PAS adscritas a la MDe se trasladaron a los centros de grado entre enero y febrero de 2020. Así, desde 2020 quedan 12 personas del PAS adscritas a la DOKe y distribuidas como sigue.

Actualmente, todas las personas del campus de Bizkaia están reagrupadas en la sede principal de la DOKe que se reduce al aula 5 del edificio de la Biblioteca Central, ya que se perdió el aula 4.

En el mandato de Gotzone Barandika el 18 de octubre de 2019 se creó el Consejo de Estudiantes y se acordó adoptar el Código de Buenas Prácticas del centro (20 de julio de 2020).