nireEHU 
Subject
Fundamentals of Genomics, Proteomics and Bioinformatics
General details of the subject
- Mode
- Face-to-face degree course
- Language
- English
Teaching staff
| Name | Institution | Category | Doctor | Teaching profile | Area | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| ALONSO ALEGRE, SANTOS | University of the Basque Country | Personal Doctor Investigador | Doctor | Not bilingual | Physical Anthropology | santos.alonso@ehu.eus |
| ARIZMENDI BASTARRIKA, JESUS MARIA | University of the Basque Country | Profesorado Agregado | Doctor | Bilingual | Biochemistry and Molecular Biology | jm.arizmendi@ehu.eus |
| BILBAO CATALA, JOSE RAMON | University of the Basque Country | Profesorado Pleno | Doctor | Bilingual | Genetics | joseramon.bilbao@ehu.eus |
| FULLAONDO ELORDUI-ZAPATERIECHE, ASIER | University of the Basque Country | Profesorado Agregado | Doctor | Bilingual | Genetics | asier.fullaondo@ehu.eus |
| JUGO ORRANTIA, BEGOÑA MARINA | University of the Basque Country | Profesorado Titular De Universidad | Doctor | Bilingual | Genetics | begonamarina.jugo@ehu.eus |
| LOPEZ LOPEZ, ELIXABET | University of the Basque Country | Profesorado Adjunto (Ayudante Doctor/A) | Doctor | Bilingual | Biochemistry and Molecular Biology | elixabet.lopez@ehu.eus |
| ZUBIAGA ELORDIETA, ANA MARIA | University of the Basque Country | Profesorado Catedratico De Universidad | Doctor | Bilingual | Genetics | ana.zubiaga@ehu.eus |
| ARANSAY BAÑARES, ANA MARIA | Centro de Investigacion Cooperativa en Biociencias (CIC-bioGUNE) | Otros | Doctor | amaransay@cicbiogune.es | ||
| BERNALES PUJANA, IRANTZU | SGIKER Servicio Central de Análisis, UPV/EHU | Otros | Doctor | irantzu.bernales@ehu.eus | ||
| LAVIN TRUEBA, JOSE LUIS | Neiker-Tecnalia | Otros | Doctor |
Study types
| Type | Face-to-face hours | Non face-to-face hours | Total hours |
|---|---|---|---|
| Lecture-based | 25 | 38 | 63 |
| Applied computer-based groups | 25 | 37 | 62 |
Training activities
| Name | Hours | Percentage of classroom teaching |
|---|---|---|
| Drawing up reports and presentations | 25.0 | 0 % |
| Expositive classes | 50.0 | 50 % |
| Working with it equipment | 50.0 | 50 % |
Assessment systems
| Name | Minimum weighting | Maximum weighting |
|---|---|---|
| Attendance and participation | 0.0 % | 50.0 % |
| Trabajos prácticos /Valoración por parte del Tribunal del trabajo escrito | 0.0 % | 50.0 % |
Temary
Tema 1
INTRODUCCIÓN A LA GENÓMICA. SECUENCIACIÓN DE GENOMAS. EL GENOMA HUMANO
Tema 2
ANOTACIÓN DE GENOMAS. GENÓMICA COMPARATIVA. GENOMAS DE ESPECIES MODELO EN BIOMEDICINA. ONTOLOGÍA DE GENES.
Tema 3
ANÁLISIS BIOINFORMÁTICO DE SECUENCIAS. BASES DE DATOS. COMPARACIÓN POR SIMILITUD. ALINEAMIENTOS DE SECUENCIAS Y GENOMAS.
Tema 4
ANÁLISIS DE LA VARIACIÓN GENÓMICA.
SNPS: DETECCIÓN Y TECNOLOGÍAS DE GENOTIPACIÓN. VARIACIÓN GENÓMICA EN LA ESPECIE HUMANA Y SU IMPLICACIÓN EN LA SALUD.
Tema 5
DESEQUILIBRIO DE LIGAMIENTO Y MAPAS HAPLOTÍPICOS. APLICACIONES DE LA TECNOLOGÍA DE SNPS: MAPEO DE QTLS Y ESTUDIOS DE ASOCIACIÓN CON ENFERMEDADES.
Tema 6¿¿¿¿.
ANÁLISIS DE LA EXPRESIÓN GENÓMICA.
MICROMATRICES DE DNA. DISEÑO EXPERIMENTAL Y METODOLOGÍA. NUEVAS HERRAMIENTAS: CGH, CHIP ON CHIP.
Tema 7
MINERÍA DE DATOS
ANÁLISIS ESTADÍSTICO DE DATOS DE MICROMATRICES
Tema 8
INTRODUCCIÓN A LA PROTEÓMICA. MÉTODOS DE SEPARACIÓN Y CUANTIFICACIÓN DE PROTEÍNAS.
Tema 9
ESPECTROMETRÍA DE MASAS. ESTRATEGÍAS DE IDENTIFICACIÓN DE PROTEÍNAS.
Tema 10
BIOINFORMÁTICA EN LA PROTEÓMICA.
Bibliography
Basic bibliography
1.- A. MALCON CAMPBELL & LAURIE J. HEDER (2003): DISCOVERING GENOMICS, PROTEOMICS AND BIOINFORMATICS.. PEARSON EDUCATION, INC. BENJAMIN CUMMINGS, SAN FRANCISCO.2.- G. GIBSON AND S.V. MUSE. A PRIMER OF GENOME SCIENCE. (2004). SINAUER ASSOCIATES, INC.
3.- AZUAJE, F., DOPAZO, J (EDS.). DATA ANALYSIS AND VISUALIZATION IN GENOMICS AND
PROTEOMICS. (2005) WILEY
4.- MOUNT DW. (2001): BIOINFORMATICS. SEQUENCE AND GENOME ANALYSIS. APPLICATIONS IN BIOLOGICAL SCIENCE AND MEDICINE. CDR PRESS, BOCA RATON.
5.- BAXEVANIS, A.D., OUELLETTE, B.F.F. 2001. BIOINFORMATICS. A PRACTICAL GUIDE TO THE ANALYSIS OF GENES AND PROTEINS. 2ND ED. WILEY-INTERSCIENCE.
6.- DC. LIEBLER. (2002): INTRODUCTION TO PROTEOMICS. TOOLS FOR THE NEW BIOLOGY.. HUMAN PRESS, TOTOWA, NEW YORK,
7.- JAMES P. (2001): PROTEOME RESEARCH: MASS SPECTROMETRY. SPRINGER, BERLIN.
8.- E. DE HOFFMANN & V. STROOBANT (2002): MASS SPECTROMETRY: PRINCIPLES AND APPLICATIONS. WILEY, CHICHESTER
ARTÍCULOS
- ALAN E., MD GUTTMACHER, ET AL. (2004): GENOMIC MEDICINE. ARTICLES FROM THE NEW ENGLAND JOURNAL OF MEDICINE. MASSACHUSETTS MEDICAL SOCIETY USA
- HACKL H., ET AL (2004): ANALYSIS OF DNA MICROARRAY DATA. CURR. TOP. MED. CHEM. 4(13):1357-70
-KERR MK. (2003): DESIGNS CONSIDERATIONS FOR EFFICIENT AND EFFECTIVE MICROARRAY STUDIES. BIOMETRICS DEC, 59(4):822-8
- NADON R, & SHOEMAKER J. (2002): STATISTICAL ISSUES WITH MICROARRAYS: PROCESSING AND ANALYSIS. TRENS GENET. MAY18(5): 265-71
OTROS ARTÍCULOS SELECCIONADOS DE LAS REVISTAS: NATURE, SCIENCE, CELL, MOLECULAR CELL, EMBO J, NATURE GENETICS¿PARA SU LECTURA Y DISCUSIÓN EN LOS SEMINARIOS