Ohiko deialdia: orientazioak eta uko egitea

Evaluation will be based on three points:

1) Attendance and participation in class (Class attendance will be mandatory)

2) Presentation and discussion of scientific papers

3) Practical works on experimental data by bioinformatic methods.

Ezohiko deialdia: orientazioak eta uko egitea

Evaluation will be based on three points:

1) Attendance and participation in class (Class attendance will be mandatory)

2) Presentation and discussion of scientific papers

3) Practical works on experimental data by bioinformatics methods.

Irakasgai-zerrenda

Tema 1

INTRODUCCIÓN A LA GENÓMICA. SECUENCIACIÓN DE GENOMAS. EL GENOMA HUMANO



Tema 2

ANOTACIÓN DE GENOMAS. GENÓMICA COMPARATIVA. GENOMAS DE ESPECIES MODELO EN BIOMEDICINA.

ONTOLOGÍA DE GENES.



Tema 3

ANÁLISIS BIOINFORMÁTICO DE SECUENCIAS. BASES DE DATOS. COMPARACIÓN POR SIMILITUD.

ALINEAMIENTOS DE SECUENCIAS Y GENOMAS.



Tema 4

ANÁLISIS DE LA VARIACIÓN GENÓMICA.

SNPS: DETECCIÓN Y TECNOLOGÍAS DE GENOTIPACIÓN. VARIACIÓN GENÓMICA EN LA ESPECIE HUMANA Y SU IMPLICACIÓN EN LA SALUD.



Tema 5

DESEQUILIBRIO DE LIGAMIENTO Y MAPAS HAPLOTÍPICOS. APLICACIONES DE LA TECNOLOGÍA DE SNPS:

MAPEO DE QTLS Y ESTUDIOS DE ASOCIACIÓN CON ENFERMEDADES.



Tema 6

ANÁLISIS DE LA EXPRESIÓN GENÓMICA. MICROMATRICES DE DNA. DISEÑO EXPERIMENTAL Y METODOLOGÍA. NUEVAS HERRAMIENTAS: CGH, CHIP ON CHIP.



Tema 7

MINERÍA DE DATOS

ANÁLISIS ESTADÍSTICO DE DATOS DE MICROMATRICES



Tema 8

INTRODUCCIÓN A LA PROTEÓMICA. MÉTODOS DE SEPARACIÓN Y CUANTIFICACIÓN DE PROTEÍNAS.



Tema 9

ESPECTROMETRÍA DE MASAS. ESTRATEGÍAS DE IDENTIFICACIÓN DE PROTEÍNAS.





Tema 10

BIOINFORMÁTICA EN LA PROTEÓMICA.

Bibliografia

Nahitaez erabili beharreko materiala

The graphic material used in the master classes by each professor will be stored in e-gela, or sent by e-mail to all students.

Oinarrizko bibliografia

1.- A. MALCON CAMPBELL & LAURIE J. HEDER (2003): DISCOVERING GENOMICS, PROTEOMICS AND BIOINFORMATICS.. PEARSON EDUCATION, INC. BENJAMIN CUMMINGS, SAN FRANCISCO.

2.- G. GIBSON AND S.V. MUSE. A PRIMER OF GENOME SCIENCE. (2004). SINAUER ASSOCIATES, INC.

3.- AZUAJE, F., DOPAZO, J (EDS.). DATA ANALYSIS AND VISUALIZATION IN GENOMICS AND PROTEOMICS. (2005) WILEY

4.- MOUNT DW. (2001): BIOINFORMATICS. SEQUENCE AND GENOME ANALYSIS. APPLICATIONS IN BIOLOGICAL SCIENCE AND MEDICINE. CDR PRESS, BOCA RATON.

5.- BAXEVANIS, A.D., OUELLETTE, B.F.F. 2001. BIOINFORMATICS. A PRACTICAL GUIDE TO THE ANALYSIS OF GENES AND PROTEINS. 2ND ED. WILEY-INTERSCIENCE.

6.- DC. LIEBLER. (2002): INTRODUCTION TO PROTEOMICS. TOOLS FOR THE NEW BIOLOGY.. HUMAN PRESS, TOTOWA, NEW YORK,

7.- JAMES P. (2001): PROTEOME RESEARCH: MASS SPECTROMETRY. SPRINGER, BERLIN.

8.- E. DE HOFFMANN & V. STROOBANT (2002): MASS SPECTROMETRY: PRINCIPLES AND APPLICATIONS. WILEY, CHICHESTER



ARTÍCULOS

ALAN E., MD GUTTMACHER, ET AL. (2004): GENOMIC MEDICINE. ARTICLES FROM THE NEW ENGLAND JOURNAL OF MEDICINE. MASSACHUSETTS MEDICAL SOCIETY USA

HACKL H., ET AL (2004): ANALYSIS OF DNA MICROARRAY DATA. CURR. TOP. MED. CHEM. 4(13):1357-70

KERR MK. (2003): DESIGNS CONSIDERATIONS FOR EFFICIENT AND EFFECTIVE MICROARRAY STUDIES. BIOMETRICS DEC, 59(4):822-8

NADON R, & SHOEMAKER J. (2002): STATISTICAL ISSUES WITH MICROARRAYS: PROCESSING AND ANALYSIS. TRENS GENET. MAY18(5): 265-71



OTROS ARTÍCULOS SELECCIONADOS DE LAS REVISTAS: NATURE, SCIENCE, CELL, MOLECULAR CELL, EMBO J, NATURE GENETICS PARA SU LECTURA Y DISCUSIÓN EN LOS SEMINARIOS

Gehiago sakontzeko bibliografia

Specific bibliography will be provided through the course by each professor.

Aldizkariak

Other papers selected from important journals such as NATURE, SCIENCE, CELL, Molecular cell, EMBO J., NATURE GENETICS will be selected for reading and discussion.

Estekak

(1) NCBI databases https://www.ncbi.nlm.nih.gov



(2) EBI databases https://www.ebi.ac.uk/services



(3) USCS genome browser http://genome.ucsc.edu



(3.1.) UCSC Table Browser (within https://genome-euro.ucsc.edu/)



(4) Ensembl http://www.ensembl.org/



(5) Galaxy https://usegalaxy.org/



(6) SIFT, PolyPHEN (from within Galaxy) and wANNOVAR (wannovar.wglab.org/)



(7) PantherDB http://pantherdb.org/



(8) WebMeV (Multiple Experiment Viewer) http://mev.tm4.org/#/



(9) DAVID https://david.ncifcrf.gov/



(10) Babelomics http://www.babelomics.org/