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Gaia
Ingurumen Toxikogenomika
Gaiari buruzko datu orokorrak
- Modalitatea
- Ikasgelakoa
- Hizkuntza
- Ingelesa
Irakasgaiaren azalpena eta testuingurua
Ingurumen-genomika, ingurumenaren aldetik garrantzitsuak diren eta ereduzkoak ez diren organismoen azterketa transkriptomikoak azpimarratuz. Teknologia genomikoa ingurumen-baliabideen kudeaketan edo ekosistemaren osasunaren ebaluazioan aplikatzea.Helburuak
- Oinarrizko nozioak ematea, adibide praktikoak erabiliz, ingurumen-genomikan, ekotoxikosgenomikan eta toxikogenomika klinikoan erabilitako teknika nagusiak azaltzeko.
Helburuak
Unitatearen amaieran, hau egin behar duzu:
1. Organismo biziek gaixotasunean homeostasia lortzeko, ugalketarako, toxikotasunerako, elikadura-erregimenetarako eta ingurune aldakor batean eragiten dituzten egokitzapen-gertaerak hautematea/interpretatzea, molekularrak eta mekanikoak.
2. Hainbat konposatu kimikoren ekintza-mekanismoak zehaztea, zelularen hainbat bide eta egitura funtzionaletan.
3. Ingurumenaren kalitatearen ebaluazioan profil transkribatuak erabiltzearen erabilgarritasuna ulertzea eta kutsaduraren biomonitorizazio-programetan aplikatzea.
4. Animaliengan hainbat patologia eta toxikopatiaren etiologia zehazteko ikuspegi ekotxikogenomikoak duen erabilgarritasun diagnostikoa ezagutzea.
Eskuratutako funtsezko trebetasunak
Unitatearen amaieran, honako hauek egin beharko zenituzke:
1. Errendimendu handiko azterketa genomikoak eta transkriptomikoak planifikatzeko, garatzeko eta interpretatzeko beharrezkoak diren teknologia, tresnak eta informazioa menderatzea.
2. Laborategiko konposatu kimikoen esposizioaren eta/edo efektuaren transkripzio genikoaren diagnostikoaren profilen azterketan eta landa-baldintza/ingurumen-baldintzetan oinarritutako ikerketa-proiektu bat nola diseinatu jakitea: espezie jagoleak hautatzea, sekuentzia-informazioa berreskuratzea; sekuentziazio-teknika tradizionalak eta masiboki paraleloak; adierazpen genikoa aztertzeko teknikak; eta ibilbide genetikoak aztertzea.
Irakasleak
| Izena | Erakundea | Kategoria | Doktorea | Irakaskuntza-profila | Arloa | Helbide elektronikoa |
|---|---|---|---|---|---|---|
| BILBAO CASTELLANOS, EIDER | Euskal Herriko Unibertsitatea | Irakaslego Atxikia (Laguntzaile Doktorea) | Doktorea | Elebiduna | Zelulen Biologia | eider.bilbao@ehu.eus |
| CANCIO URIARTE, IBON | Euskal Herriko Unibertsitatea | Irakaslego Osoa | Doktorea | Elebiduna | Zelulen Biologia | ibon.cancio@ehu.eus |
Gaitasunak
| Izena | Pisua |
|---|---|
| Dominar la tecnología, las herramientas y la información requeridas para planificar, desarrollar e interpretar estudios genómicos y transcriptómicos de alto rendimiento. | 25.0 % |
| Detectar/interpretar molecular y mecánicamente los eventos de adaptación desencadenados por los organismos vivos para obtener homeostasis: - En enfermedades (stress, enfermedades infecciosas) - En reproducción - Bajo exposición a compuestos químicos tóxicos - Bajo diferentes regímenes de alimentación (fórmulas alimentarias utilizadas en acuacultura, cambios estacionales en la disponibilidad de alimentos) - En un ambiente cambiante. | 25.0 % |
| Determinar los mecanismos de acción de diferentes compuestos químicos en rutas funcionales y estructura de diferentes células. | 20.0 % |
| Entender la utilidad de usar perfiles transcripcionales en la evaluación de la calidad del ambiente y su aplicación en programas de bioseguimiento de la contaminación = Aprender cómo diseñar un proyecto de investigación basado en el estudio de los perfiles de transcripción génica para el diagnóstico de la exposición a y/o del efecto de compuestos químicos, tanto en el laboratorio como en condiciones ambientales reales de campo: selección de especies centinela, obtención de información de secuencias, técnicas de secuenciación tradicionales y en masa, técnicas de análisis de expresión génica, análisis de rutas génicas. | 20.0 % |
| Que el estudiante reconozca la utilidad diagnóstica de la aproximaciòn toxicogenómica para determinar la etiologia de diverssas patologias y toxicopatias en animales. | 10.0 % |
Irakaskuntza motak
| Mota | Ikasgelako orduak | Ikasgelaz kanpoko orduak | Orduak guztira |
|---|---|---|---|
| Magistrala | 24 | 40 | 64 |
| Mintegia | 0 | 12 | 12 |
| Laborategiko p. | 2 | 2 | 4 |
| Ordenagailuko p. | 8 | 4 | 12 |
| Tailerra | 4 | 0 | 4 |
| Tailer Ind. | 2 | 2 | 4 |
Irakaskuntza motak
| Izena | Orduak | Ikasgelako orduen ehunekoa |
|---|---|---|
| Aplikazio-tailerrak | 4.0 | 50 % |
| Azalpenezko eskolak | 64.0 | 37 % |
| Informazio-azalpena | 12.0 | 0 % |
| Lana sarean | 12.0 | 60 % |
| Oinarrizko trebetasun instrumentalak eskuratzea | 4.0 | 50 % |
| Talde-lana | 4.0 | 100 % |
Ebaluazio-sistemak
| Izena | Gutxieneko ponderazioa | Gehieneko ponderazioa |
|---|---|---|
| Attendance is compulsory. Proactive participation in the activities, practical and oral sessions, will be considered. ¿ Individual report (seminar) including a questionnaire about the course. 3 page abstract (specific subject) that will be made available to lecturers and to all students participating in the course. All students will have to formulate a critical question to each abstract ,that will be also sent to the lecturer. Questions must be answered by all the students/lecturers. Assessment criteria: written report quality, abstract understanding by other students, and rationale at answering the questions raised. | 0.0 % | 50.0 % |
| Garatu beharreko galderak | 0.0 % | 100.0 % |
| Lan praktikoak | 0.0 % | 100.0 % |
Irakasgaia ikastean lortuko diren emaitzak
Al final de la Unidad, deberías poder:1. dominar la tecnología, las herramientas y la información necesarias para la planificación, el desarrollo y la interpretación de estudios genómicos y transcriptómicos de alto rendimiento.
2. saber cómo diseñar un proyecto de investigación basado en el estudio de los perfiles de transcripción génica diagnóstico de exposición y / o efecto de compuestos químicos en laboratorio y condiciones reales de campo / ambientales: selección de especies centinela, recuperación de información de secuencia; técnicas de secuenciación tradicionales y masivamente paralelas; técnicas de análisis de expresión génica; y análisis de rutas genéticas.
Ohiko deialdia: orientazioak eta uko egitea
Condiciones de evaluación a discutir con el profesorado.Las condiciones de renuncia a la convocatoria ordinaria se rigen por la Normativa de permanencia del alumnado de los másteres universitarios aprobada por el acuerdo de consejo social de la UPV/EHU el 22 de Julio de 2015. En todo caso habrá que comunicar por escrito al profesor(a) responsable de la asignatura la renuncia a la convocatoria, antes de la primera prueba de evaluación de la asignatura.
El método de evaluación incluido en esta guía puede sufrir cambios si las directrices de las autoridades sanitarias así lo estableciesen. Las modificaciones a adoptar se anunciarían oportunamente, contando con las estrategias y herramientas necesarias para garantizar el derecho del alumnado a ser evaluado con equidad y justicia.
Ezohiko deialdia: orientazioak eta uko egitea
Condiciones de evaluación a discutir con el profesorado.Las condiciones de renuncia a la convocatoria ordinaria se rigen por la Normativa de permanencia del alumnado de los másteres universitarios aprobada por el acuerdo de consejo social de la UPV/EHU el 22 de Julio de 2015. En todo caso habrá que comunicar por escrito al profesor(a) responsable de la asignatura la renuncia a la convocatoria, antes de la primera prueba de evaluación de la asignatura.
El método de evaluación incluido en esta guía puede sufrir cambios si las directrices de las autoridades sanitarias así lo estableciesen. Las modificaciones a adoptar se anunciarían oportunamente, contando con las estrategias y herramientas necesarias para garantizar el derecho del alumnado a ser evaluado con equidad y justicia.
Irakasgai-zerrenda
1. Environmental genomics and gene sources in the seas, soils, rivers, inside metazoa2. Environmental metagenomics and gene discovery
3. Genomic services for aquaculture, fisheries research, study of fish stock dynamics, agriculture, food supply, comparative physiology...
4. Genomics and environmental model organisms.
5. Marine genomics and patents.
6. Basic concepts in toxicogenomics: ecotoxicogenomics, functional genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics, analysis of gene expression, and gene ontology.
7. Molecular mechanisms in cell toxicity: effects on gene transcription levels. Gene families with predictive capacity in toxicology: inflammation; peroxisome proliferation; mutagenesis; carcinogenesis; teratogenesis; agonists of AhR and other nuclear receptors; metal scavengers; detoxification metabolism; cytotoxicity; apoptosis; and immunosuppression.
8. How to address the lack of basic gene sequence information about the species of interest. Cloning, "expressed sequence tags" (ESTs). "Suppression subtractive hybridisation-PCR". Gene sequencing, Genome vs transcriptome sequencing. Massively parallel sequencing techniques. Sequence/Gene annotation (Gene ontology).
9. Basic techniques for the qualitative and quantitative study of differential gene expression (effects of chemical compounds). Toxicological fingerprinting. RT-PCR, Q-RT-PCR. Northern-blot, dot-blot, in situ hybridisation. Differential display PCR. Suppression subtractive hybridisation-PCR. Microarrays (microchips) and transcriptomics
10. Toxicogenomics vs proteomics vs metabolomics. Systems biology.
11. Knock-down and transgenic technology and the gene dissection of relevant molecular pathways.
12. Practicals: Navigating through the web in search of gene/genome/metagenome data bases. Gene sequence repositories, Genome sequence repositories (NCBI, ENSEMBL, GOLD). Gene expression repositories (GEO, Arrayexpress). Pathway analysis based on Gene ontology (GoFact, KEGG pathways). Microarray data interpretation and analysis tools.
Bibliografia
Oinarrizko bibliografia
Relevant papers delivered during the courseWeb resources delivered during the course