nireEHU 
Gaia
Proteomika Biomedikuntzan
Gaiari buruzko datu orokorrak
- Modalitatea
- Ikasgelakoa
- Hizkuntza
- Ingelesa
Irakasleak
| Izena | Erakundea | Kategoria | Doktorea | Irakaskuntza-profila | Arloa | Helbide elektronikoa |
|---|---|---|---|---|---|---|
| OMAETXEBARRIA IBARRA, MIREN JOSU | Euskal Herriko Unibertsitatea | Irakaslego Agregatua | Doktorea | Elebiduna | Biokimika eta Biologia Molekularra | mirenjosu.omaetxebarria@ehu.eus |
| OSINALDE MORALEJA, NEREA | Euskal Herriko Unibertsitatea | Unibertsitateko Irakaslego Titularra | Doktorea | Elebiduna | Biokimika eta Biologia Molekularra | nerea.osinalde@ehu.eus |
| PRIETO AGUJETA, GORKA | Euskal Herriko Unibertsitatea | Irakaslego Agregatua | Doktorea | Elebakarra | Ingeniaritza Telematikoa | gorka.prieto@ehu.eus |
| RAMIREZ SANCHEZ, JUAN MANUEL | Euskal Herriko Unibertsitatea | Irakaslego Atxikia (Laguntzaile Doktorea) | Doktorea | Elebiduna | Biokimika eta Biologia Molekularra | juanmanuel.ramirez@ehu.eus |
| AZKARGORTA MUGICA, MIKEL | Cic bioGUNE | Besteak | Doktorea | mikel.azkargorta@ehu.es | ||
| ELORTZA BASTERRIKA, FELIX ROBERTO | Centro de Investigacion Cooperativa en Biociencias (CIC-bioGUNE) | Besteak | Doktorea | |||
| MUÑOZ PERALTA, JAVIER | Biocruces-Hospital Universitario Cruces | Besteak | Doktorea |
Irakaskuntza motak
| Mota | Ikasgelako orduak | Ikasgelaz kanpoko orduak | Orduak guztira |
|---|---|---|---|
| Magistrala | 20 | 30 | 50 |
| Mintegia | 10 | 15 | 25 |
| Laborategiko p. | 10 | 15 | 25 |
| Ordenagailuko p. | 10 | 15 | 25 |
Irakaskuntza motak
| Izena | Orduak | Ikasgelako orduen ehunekoa |
|---|---|---|
| Azalpenezko eskolak | 50.0 | 40 % |
| Laborategiko praktikak | 25.0 | 20 % |
| Lanak ekipo informatikoekin | 25.0 | 40 % |
| Mintegiak | 25.0 | 20 % |
| Ordenagailuko praktikak | 25.0 | 20 % |
| Programa Informatikoko Erabilera | 15.0 | 67 % |
| Txostenak eta azalpenak lantzea | 25.0 | 0 % |
Ebaluazio-sistemak
| Izena | Gutxieneko ponderazioa | Gehieneko ponderazioa |
|---|---|---|
| Bertaratzea eta Parte-hartzea | 50.0 % | 50.0 % |
| Eskoletara joatea | 0.0 % | 2.0 % |
| Jarreren Eskalak | 5.0 % | 5.0 % |
| Ordenagailuko praktikak | 15.0 % | 15.0 % |
| Txostenak eta azalpenak lantzea | 30.0 % | 30.0 % |
| Zereginen ebaluazioa gaika (ebaluazio hezigarria eta batutzailea) | 0.0 % | 3.0 % |
Irakasgaia ikastean lortuko diren emaitzak
MS bidezko analisiaren aurretik laginak prestatzeko metodologiak deskribatzea: proteinak aberastea, proteinak liseritzea eta proteinak/peptidoak banatzea.Shotgun proteomika eta proteomika zuzendua bereiztea, eta top down proteomikaren ikuspegi desberdinak deskribatzea: datuen mendeko eskuratzea (DDA) eta datuen eskuratze independentea (DIA).
Laneko fluxu baten urratsak egitea, nahasketa konplexu batean dauden proteinak identifikatzeko.
Datu proteomikoak aztertzea. MStik eratorritako datuak iragaztea, berariazko irizpideei jarraituz, eta analisi bioinformatikoak egitea, esanahi biologikoa ateratzeko.
Metodo egokiak erabiliz esperimentu bat planifikatzea, eskura dagoen teknologiaren mugak, lagin kopurua eta azpiko hipotesia kontuan hartuta.
Ohiko deialdia: orientazioak eta uko egitea
Bertaratzea nahitaezkoa da. Justifikatutako faltak saioaren arduradunak adierazitako jarduerarekin berreskuratu ahal izango dira.Ikasleak eskoletan parte hartzea baloratuko da, egindako galdera eta iruzkinak baloratuko dirak.
Saioen % 100ean parte-hartze eta asistentzia handia izateak irakasgaia gainditzeko aukera ematen du.
Justifikatu gabeko % 80tik beherako bertaratzeak irakasgaia ez gainditzea dakar.
Justifikatutako ausentsiak (%30 baino gehiago) egoerara egokitutako ikasgaiaren azterketa/proba egitea dakar.
Ezohiko deialdia: orientazioak eta uko egitea
Ezohiko deialdiak ikasgaiaren azterketa/proba bat egitea ekarriko du, ausaz aukeratutako bi irakasgairen artean aukeratu beharreko irakasgaiaren gai bat garatuz.Bibliografia
Nahitaez erabili beharreko materiala
UPV/EHUko eGela plataforma https://egela.ehu.eus/login/index.phpOinarrizko bibliografia
Manual de proteómica, Volumen I. Sociedad Española de Proteómica, 2014Manual de proteómica, Volumen II. Sociedad Española de Proteómica, 2019
Mass spectrometry data analysis in proteomics. R. Matthiesen. Humana Press, Springer, Heidelberg, 2013
Proteomics for biological discovery. T.D. Veenstra & J.R. Yates III. Wiley, Hoboken, New Jersey, 2006
Gehiago sakontzeko bibliografia
Aebersold R, Mann M. (2016) Mass-spectrometric exploration of proteome structure and function. Nature 537:347-355Cox J, Mann M. (2011) Quantitative, high-resolution proteomics for data-driven systems biology. Annu. Rev. Biochem. 80:273-299
Ebhardt HA, Root A, Sander C, Aebersold R. (2015) Applications of targeted proteomics in systems biology and translational medicine. Proteomics 15:3193-3208
Geyer PE, Holdt LM, Teupser D, Mann M. (2017) Revisiting biomarker discovery by plasma proteomics. Mol. Syst. Biol.13:942
Lundberg E, Borner GHH. (2019) Spatial proteomics: a powerful discovery tool for cell biology. Nature Reviews. 25(5):285-302
Meissner F, Geddes-McAlister J, Mann M, Bantscheff M. (2022). The emerging role of mass spectrometry-based proteomics in drug discovery. Nature Reviews DrugDiscovery. 21, 637-654.
Olsen JV, Mann M. (2012) Status of large-scale analysis of post-translational modifications by mass spectrometry. Mol.Cell. Proteomics 12:3444-3452
Picotti P, Aebersold R. (2012) Selected reaction monitoring-based proteomics: workflows, potential, pitfalls and future directions. Nat. Methods 9:555-566
Sabidó E, Selevsek N, Aebersold R. (2012) Mass spectrometry-based proteomics for systems biology. Curr. Opin.Biotechnol. 23:591-597
Uzozie AC, Aebersold R. (2018) Advancing translational research and precision medicine with targeted proteomics. J.Proteomics 189:1-10
Walther TC, Mann M. (2010) Mass spectrometry-based proteomics in cell biology. J. Cell Biol. 190:491-500