Resultados del aprendizaje de la asignatura

Describir las distintas metodologías para la preparación de muestras antes del análisis por MS: enriquecimiento de proteínas, digestión de proteínas y fraccionamiento de proteínas/péptidos.



Diferenciar entre la proteómica shotgun y la dirigida, así como describir los distintos enfoques de la proteómica top down: adquisición dependiente de datos (DDA) y adquisición independiente de datos (DIA).



Realizar los pasos de un flujo de trabajo para identificar las proteínas presentes en una mezcla compleja.



Analizar los datos proteómicos. Filtrar datos basados de MS siguiendo criterios específicos y realizar análisis bioinformáticos para extraer el significado biológico.



Planificar un experimento utilizando métodos apropiados teniendo en cuenta las limitaciones de la tecnología disponible, el número de muestras y la hipótesis subyacente.

Convocatoria ordinaria: orientaciones y renuncia

La asistencia es obligatoria. Las faltas justificadas se podrán recuperar con la actividad que se indique por el responsable de la sesión.



Se valorará la intervención del alumno/a en las clases, se valorará las preguntas y comentarios realizados en cada sesión. Una alta participación y asistencia al 100% de las sesiones permite aprobar la asignatura.



Una asistencia inferior al 80 % no justificada supone el suspenso de la asignatura.

En caso de falta con causa justificada (de más de un 30%) se a realizara un examen/prueba de la asignatura ajustada a la situación específica.

Convocatoria extraordinaria: orientaciones y renuncia

La convocatoria extraordinaria supondrá la realización de un examen/prueba de la asignatura que consistirá en el desarrollo de un tema de la asignatura a elegir entre dos escogidos al azar.

Bibliografía

Materiales de uso obligatorio

Plataforma e-Gela de la UPV/EHU https://egela.ehu.eus/login/index.php

Bibliografía básica

Manual de proteómica, Volumen I. Sociedad Española de Proteómica, 2014

Manual de proteómica, Volumen II. Sociedad Española de Proteómica, 2019

Mass spectrometry data analysis in proteomics. R. Matthiesen. Humana Press, Springer, Heidelberg, 2013

Proteomics for biological discovery. T.D. Veenstra & J.R. Yates III. Wiley, Hoboken, New Jersey, 2006

Bibliografía de profundización

Aebersold R, Mann M. (2016) Mass-spectrometric exploration of proteome structure and function. Nature 537:347-355



Cox J, Mann M. (2011) Quantitative, high-resolution proteomics for data-driven systems biology. Annu. Rev. Biochem. 80:273-299



Ebhardt HA, Root A, Sander C, Aebersold R. (2015) Applications of targeted proteomics in systems biology and translational medicine. Proteomics 15:3193-3208



Geyer PE, Holdt LM, Teupser D, Mann M. (2017) Revisiting biomarker discovery by plasma proteomics. Mol. Syst. Biol.13:942



Lundberg E, Borner GHH. (2019) Spatial proteomics: a powerful discovery tool for cell biology. Nature Reviews. 25(5):285-302



Meissner F, Geddes-McAlister J, Mann M, Bantscheff M. (2022). The emerging role of mass spectrometry-based proteomics in drug discovery. Nature Reviews DrugDiscovery. 21, 637-654.



Olsen JV, Mann M. (2012) Status of large-scale analysis of post-translational modifications by mass spectrometry. Mol.Cell. Proteomics 12:3444-3452



Picotti P, Aebersold R. (2012) Selected reaction monitoring-based proteomics: workflows, potential, pitfalls and future directions. Nat. Methods 9:555-566



Sabidó E, Selevsek N, Aebersold R. (2012) Mass spectrometry-based proteomics for systems biology. Curr. Opin.Biotechnol. 23:591-597



Uzozie AC, Aebersold R. (2018) Advancing translational research and precision medicine with targeted proteomics. J.Proteomics 189:1-10



Walther TC, Mann M. (2010) Mass spectrometry-based proteomics in cell biology. J. Cell Biol. 190:491-500