Descripción y contextualización de la asignatura

Genómica ambiental, con énfasis en estudios transcriptómicos en organismos no modelo ambientalmente relevantes. Aplicación de tecnología genómica a la gestión de recursos ambientales o evaluación de la salud del ecosistema.



Objetivos

-Proporcionar nociones básicas, con el uso de ejemplos prácticos, que expliquen las principales técnicas utilizadas en genómica ambiental, en ecotoxicogenómica y en toxicogenómica clínica.



Objetivos

Al final de la Unidad, debes:

1. detectar / interpretar molecular y mecánicamente los eventos de adaptación que los organismos vivos desencadenan para obtener la homeostasis en la enfermedad; reproducción; toxicidad, regímenes de alimentación y en un entorno cambiante.

2. Determinar los mecanismos de acción de diferentes compuestos químicos, en diferentes vías y estructuras funcionales de la célula.

3. Comprender la utilidad del uso de perfiles transcripcionales en la evaluación de la calidad del medio ambiente y su aplicación en programas de biomonitoreo de la contaminación.

4. Conocer la utilidad diagnóstica del enfoque ecotoxicogenómico en la determinación de la etiología de diversas patologías y toxicopatías, en animales.



Habilidades clave adquiridas

Al final de la Unidad, deberías poder:

1. dominar la tecnología, las herramientas y la información necesarias para la planificación, el desarrollo y la interpretación de estudios genómicos y transcriptómicos de alto rendimiento.

2. saber cómo diseñar un proyecto de investigación basado en el estudio de los perfiles de transcripción génica diagnóstico de exposición y / o efecto de compuestos químicos en laboratorio y condiciones reales de campo / ambientales: selección de especies centinela, recuperación de información de secuencia; técnicas de secuenciación tradicionales y masivamente paralelas; técnicas de análisis de expresión génica; y análisis de rutas genéticas.

Resultados del aprendizaje de la asignatura

Al final de la Unidad, deberías poder:

1. dominar la tecnología, las herramientas y la información necesarias para la planificación, el desarrollo y la interpretación de estudios genómicos y transcriptómicos de alto rendimiento.

2. saber cómo diseñar un proyecto de investigación basado en el estudio de los perfiles de transcripción génica diagnóstico de exposición y / o efecto de compuestos químicos en laboratorio y condiciones reales de campo / ambientales: selección de especies centinela, recuperación de información de secuencia; técnicas de secuenciación tradicionales y masivamente paralelas; técnicas de análisis de expresión génica; y análisis de rutas genéticas.

Convocatoria ordinaria: orientaciones y renuncia

Condiciones de evaluación a discutir con el profesorado.



Las condiciones de renuncia a la convocatoria ordinaria se rigen por la Normativa de permanencia del alumnado de los másteres universitarios aprobada por el acuerdo de consejo social de la UPV/EHU el 22 de Julio de 2015. En todo caso habrá que comunicar por escrito al profesor(a) responsable de la asignatura la renuncia a la convocatoria, antes de la primera prueba de evaluación de la asignatura.



El método de evaluación incluido en esta guía puede sufrir cambios si las directrices de las autoridades sanitarias así lo estableciesen. Las modificaciones a adoptar se anunciarían oportunamente, contando con las estrategias y herramientas necesarias para garantizar el derecho del alumnado a ser evaluado con equidad y justicia.

Convocatoria extraordinaria: orientaciones y renuncia

Condiciones de evaluación a discutir con el profesorado.



Las condiciones de renuncia a la convocatoria ordinaria se rigen por la Normativa de permanencia del alumnado de los másteres universitarios aprobada por el acuerdo de consejo social de la UPV/EHU el 22 de Julio de 2015. En todo caso habrá que comunicar por escrito al profesor(a) responsable de la asignatura la renuncia a la convocatoria, antes de la primera prueba de evaluación de la asignatura.



El método de evaluación incluido en esta guía puede sufrir cambios si las directrices de las autoridades sanitarias así lo estableciesen. Las modificaciones a adoptar se anunciarían oportunamente, contando con las estrategias y herramientas necesarias para garantizar el derecho del alumnado a ser evaluado con equidad y justicia.

Temario

1. Environmental genomics and gene sources in the seas, soils, rivers, inside metazoa

2. Environmental metagenomics and gene discovery

3. Genomic services for aquaculture, fisheries research, study of fish stock dynamics, agriculture, food supply, comparative physiology...

4. Genomics and environmental model organisms.

5. Marine genomics and patents.

6. Basic concepts in toxicogenomics: ecotoxicogenomics, functional genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics, analysis of gene expression, and gene ontology.

7. Molecular mechanisms in cell toxicity: effects on gene transcription levels. Gene families with predictive capacity in toxicology: inflammation; peroxisome proliferation; mutagenesis; carcinogenesis; teratogenesis; agonists of AhR and other nuclear receptors; metal scavengers; detoxification metabolism; cytotoxicity; apoptosis; and immunosuppression.

8. How to address the lack of basic gene sequence information about the species of interest. Cloning, "expressed sequence tags" (ESTs). "Suppression subtractive hybridisation-PCR". Gene sequencing, Genome vs transcriptome sequencing. Massively parallel sequencing techniques. Sequence/Gene annotation (Gene ontology).

9. Basic techniques for the qualitative and quantitative study of differential gene expression (effects of chemical compounds). Toxicological fingerprinting. RT-PCR, Q-RT-PCR. Northern-blot, dot-blot, in situ hybridisation. Differential display PCR. Suppression subtractive hybridisation-PCR. Microarrays (microchips) and transcriptomics

10. Toxicogenomics vs proteomics vs metabolomics. Systems biology.

11. Knock-down and transgenic technology and the gene dissection of relevant molecular pathways.

12. Practicals: Navigating through the web in search of gene/genome/metagenome data bases. Gene sequence repositories, Genome sequence repositories (NCBI, ENSEMBL, GOLD). Gene expression repositories (GEO, Arrayexpress). Pathway analysis based on Gene ontology (GoFact, KEGG pathways). Microarray data interpretation and analysis tools.

Bibliografía

Bibliografía básica

Relevant papers delivered during the course

Web resources delivered during the course