Materia
Omics: Diseños experimentales y análisis de datos
Datos generales de la materia
- Modalidad
- Presencial
- Idioma
- Inglés
Profesorado
Nombre | Institución | Categoría | Doctor/a | Perfil docente | Área | |
---|---|---|---|---|---|---|
ALONSO ALEGRE, SANTOS | Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea | Personal Doctor Investigador | Doctor | No bilingüe | Antropología Física | santos.alonso@ehu.eus |
BILBAO CATALA, JOSE RAMON | Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea | Profesorado Pleno | Doctor | Bilingüe | Genética | joseramon.bilbao@ehu.eus |
FERNANDEZ JIMENEZ, NORA | Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea | Profesorado Adjunto (Ayudante Doctor/A) | Doctora | Bilingüe | Genética | nora.fernandez@ehu.eus |
GARCIA SANTISTEBAN, IRAIA | Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea | Profesorado Adjunto (Ayudante Doctor/A) | Doctora | Bilingüe | Genética | iraia.garcia@ehu.eus |
JUGO ORRANTIA, BEGOÑA MARINA | Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea | Profesorado Titular De Universidad | Doctora | Bilingüe | Genética | begonamarina.jugo@ehu.eus |
LOPEZ LOPEZ, ELIXABET | Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea | Profesorado Adjunto (Ayudante Doctor/A) | Doctora | Bilingüe | Bioquímica y Biología Molecular | elixabet.lopez@ehu.eus |
MICHELENA SANCHEZ, JONE | Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea | Visitante Ikerbaske | Doctora | No bilingüe | Genética | jone.michelena@ehu.eus |
ZUBIAGA ELORDIETA, ANA MARIA | Universidad del País Vasco/Euskal Herriko Unibertsitatea | Profesorado Catedratico De Universidad | Doctora | Bilingüe | Genética | ana.zubiaga@ehu.eus |
ARANSAY BAÑARES, ANA MARIA | Centro de Investigacion Cooperativa en Biociencias (CIC-bioGUNE) | Otros | Doctora | amaransay@cicbiogune.es | ||
LAVIN TRUEBA, JOSE LUIS | Neiker-Tecnalia | Otros | Doctor | jllavin@neiker.eus | ||
MARTINEZ MARIGORTA, URKO | Centro de Investigacion Cooperativa en Biociencias (CIC-bioGUNE) | Otros | Doctor | umartinez@cicbiogune.es |
Competencias
Denominación | Peso |
---|---|
Acquisition of knowledge of experimental techniques and designs in Structural and Functional Genomics, and in Transcriptomics. | 25.0 % |
Ability to carry out bioinformatic analyses of genomic and transcriptomic data, both from microarrays and RNA sequencing. | 25.0 % |
Management of the necessary tools for obtaining biological information and interpretation from Omics data and drawing conclusions | 25.0 % |
Gaining information on the various applications of Omics analysis, especially in its translational aspect, according to specialists and researchers in this area. | 25.0 % |
Tipos de docencia
Tipo | Horas presenciales | Horas no presenciales | Horas totales |
---|---|---|---|
Magistral | 25 | 38 | 63 |
P. Ordenador | 25 | 37 | 62 |
Actividades formativas
Denominación | Horas | Porcentaje de presencialidad |
---|---|---|
Clases expositivas | 50.0 | 50 % |
Elaboración de informes y exposiciones | 25.0 | 0 % |
Trabajos con equipos informáticos | 50.0 | 50 % |
Sistemas de evaluación
Denominación | Ponderación mínima | Ponderación máxima |
---|---|---|
Asistencia y Participación | 0.0 % | 50.0 % |
Trabajos prácticos /Valoración por parte del Tribunal del trabajo escrito | 0.0 % | 50.0 % |
Convocatoria ordinaria: orientaciones y renuncia
Evaluation will be based on three points:1) Attendance and participation in class (Class attendance will be mandatory)
2) Presentation and discussion of scientific papers
3) Practical works on experimental data by bioinformatic methods.
Convocatoria extraordinaria: orientaciones y renuncia
Evaluation will be based on three points:1) Attendance and participation in class (Class attendance will be mandatory)
2) Presentation and discussion of scientific papers
3) Practical works on experimental data by bioinformatics methods.
Temario
Tema 1INTRODUCCIÓN A LA GENÓMICA. SECUENCIACIÓN DE GENOMAS. EL GENOMA HUMANO
Tema 2
ANOTACIÓN DE GENOMAS. GENÓMICA COMPARATIVA. GENOMAS DE ESPECIES MODELO EN BIOMEDICINA.
ONTOLOGÍA DE GENES.
Tema 3
ANÁLISIS BIOINFORMÁTICO DE SECUENCIAS. BASES DE DATOS. COMPARACIÓN POR SIMILITUD.
ALINEAMIENTOS DE SECUENCIAS Y GENOMAS.
Tema 4
ANÁLISIS DE LA VARIACIÓN GENÓMICA.
SNPS: DETECCIÓN Y TECNOLOGÍAS DE GENOTIPACIÓN. VARIACIÓN GENÓMICA EN LA ESPECIE HUMANA Y SU IMPLICACIÓN EN LA SALUD.
Tema 5
DESEQUILIBRIO DE LIGAMIENTO Y MAPAS HAPLOTÍPICOS. APLICACIONES DE LA TECNOLOGÍA DE SNPS:
MAPEO DE QTLS Y ESTUDIOS DE ASOCIACIÓN CON ENFERMEDADES.
Tema 6
ANÁLISIS DE LA EXPRESIÓN GENÓMICA. MICROMATRICES DE DNA. DISEÑO EXPERIMENTAL Y METODOLOGÍA. NUEVAS HERRAMIENTAS: CGH, CHIP ON CHIP.
Tema 7
MINERÍA DE DATOS
ANÁLISIS ESTADÍSTICO DE DATOS DE MICROMATRICES
Tema 8
INTRODUCCIÓN A LA PROTEÓMICA. MÉTODOS DE SEPARACIÓN Y CUANTIFICACIÓN DE PROTEÍNAS.
Tema 9
ESPECTROMETRÍA DE MASAS. ESTRATEGÍAS DE IDENTIFICACIÓN DE PROTEÍNAS.
Tema 10
BIOINFORMÁTICA EN LA PROTEÓMICA.
Bibliografía
Materiales de uso obligatorio
The graphic material used in the master classes by each professor will be stored in e-gela, or sent by e-mail to all students.Bibliografía básica
1.- A. MALCON CAMPBELL & LAURIE J. HEDER (2003): DISCOVERING GENOMICS, PROTEOMICS AND BIOINFORMATICS.. PEARSON EDUCATION, INC. BENJAMIN CUMMINGS, SAN FRANCISCO.2.- G. GIBSON AND S.V. MUSE. A PRIMER OF GENOME SCIENCE. (2004). SINAUER ASSOCIATES, INC.
3.- AZUAJE, F., DOPAZO, J (EDS.). DATA ANALYSIS AND VISUALIZATION IN GENOMICS AND PROTEOMICS. (2005) WILEY
4.- MOUNT DW. (2001): BIOINFORMATICS. SEQUENCE AND GENOME ANALYSIS. APPLICATIONS IN BIOLOGICAL SCIENCE AND MEDICINE. CDR PRESS, BOCA RATON.
5.- BAXEVANIS, A.D., OUELLETTE, B.F.F. 2001. BIOINFORMATICS. A PRACTICAL GUIDE TO THE ANALYSIS OF GENES AND PROTEINS. 2ND ED. WILEY-INTERSCIENCE.
6.- DC. LIEBLER. (2002): INTRODUCTION TO PROTEOMICS. TOOLS FOR THE NEW BIOLOGY.. HUMAN PRESS, TOTOWA, NEW YORK,
7.- JAMES P. (2001): PROTEOME RESEARCH: MASS SPECTROMETRY. SPRINGER, BERLIN.
8.- E. DE HOFFMANN & V. STROOBANT (2002): MASS SPECTROMETRY: PRINCIPLES AND APPLICATIONS. WILEY, CHICHESTER
ARTÍCULOS
ALAN E., MD GUTTMACHER, ET AL. (2004): GENOMIC MEDICINE. ARTICLES FROM THE NEW ENGLAND JOURNAL OF MEDICINE. MASSACHUSETTS MEDICAL SOCIETY USA
HACKL H., ET AL (2004): ANALYSIS OF DNA MICROARRAY DATA. CURR. TOP. MED. CHEM. 4(13):1357-70
KERR MK. (2003): DESIGNS CONSIDERATIONS FOR EFFICIENT AND EFFECTIVE MICROARRAY STUDIES. BIOMETRICS DEC, 59(4):822-8
NADON R, & SHOEMAKER J. (2002): STATISTICAL ISSUES WITH MICROARRAYS: PROCESSING AND ANALYSIS. TRENS GENET. MAY18(5): 265-71
OTROS ARTÍCULOS SELECCIONADOS DE LAS REVISTAS: NATURE, SCIENCE, CELL, MOLECULAR CELL, EMBO J, NATURE GENETICS PARA SU LECTURA Y DISCUSIÓN EN LOS SEMINARIOS
Bibliografía de profundización
Specific bibliography will be provided through the course by each professor.Revistas
Other papers selected from important journals such as NATURE, SCIENCE, CELL, Molecular cell, EMBO J., NATURE GENETICS will be selected for reading and discussion.Enlaces
(1) NCBI databases https://www.ncbi.nlm.nih.gov(2) EBI databases https://www.ebi.ac.uk/services
(3) USCS genome browser http://genome.ucsc.edu
(3.1.) UCSC Table Browser (within https://genome-euro.ucsc.edu/)
(4) Ensembl http://www.ensembl.org/
(5) Galaxy https://usegalaxy.org/
(6) SIFT, PolyPHEN (from within Galaxy) and wANNOVAR (wannovar.wglab.org/)
(7) PantherDB http://pantherdb.org/
(8) WebMeV (Multiple Experiment Viewer) http://mev.tm4.org/#/
(9) DAVID https://david.ncifcrf.gov/
(10) Babelomics http://www.babelomics.org/